如何导出gsub编辑的数据

Question

所以我最近了解了gsub，我认为它可以为我带来奇迹，但我对此感到有点困惑。我想我只是没有使用它的经验。我有一堆想要在集群上运行的脚本，但是提交的作业的格式是特定的。所以我想使用gsub或类似的包来编辑“主”脚本。然而，当我运行gsub时，它改变了我的数据结构。下面我将给出一个例子。

下面是我的df的一个例子。如果你在重新创建这个文件时遇到问题，请告诉我，我不得不使用一下dput输出。

dput(df)

df <- structure(list(V1 = c("#!/bin/bash", "#BSUB -W 2880", "#BSUB -n 8", "#BSUB -R span[ptile=8]", "#BSUB -o limaout.%J.txt", "#BSUB -e limaerr.%J.txt", "", "export PATH=$/bin:$PATH", "source activate anaCogent5.2", "", "lima /cell1.ccs.bam /primers.fasta /cell1.removed.ccs.bam --isoseq --no-pbi", "", "#BSUB -J lima.cell1")),
                .Names = "V1",
                row.names = c(NA, -13L),
                class = c("data.table", "data.frame"))

我运行以下gsub来更改脚本中需要更改的部分

df <- gsub("cell1.ccs.bam", "cell2.ccs.bam", df)
df <- gsub("primers.fasta", "primers2.fasta", df)
df <- gsub("cell1.removed.ccs.bam", "cell2.removed.ccs.bam", df)
df <- gsub("#BSUB -J lima.cell1", "#BSUB -J lima.cell2", df)

但是，gsub将我的数据帧更改为一个值(如果这有意义？我使用的是Rstudio，它会将df更改为)。当我运行以下命令时

df <- as.data.frame(df)

进行了正确的替换，但数据的格式不再正确。它看起来像这样。很抱歉，这不是dput格式。数据被放在dput似乎不喜欢的格式中

"c(\"#!/bin/bash\", \"#BSUB -W 2880\", \"#BSUB -n 8\", \"#BSUB -R span[ptile=8]\", \"#BSUB -o limaout.%J.txt\", \"#BSUB -e limaerr.%J.txt\", \"\", \"export PATH=$/bin:$PATH\", \"source activate anaCogent5.2\", \"\", \"lima /cell2.ccs.bam /primers2.fasta /cell2.removed.ccs.bam --isoseq --no-pbi\", \"\", \"#BSUB -J lima.cell2\")"

我是否正确地使用了gsub？或者有没有更好的包可以使用？

Answer 1

gsub太棒了！很高兴你在学习它。

现在发生的情况是，您的数据正在被转换为字符串。如果您在当前gsub代码之后运行class(df)，您将看到它已被转换为character (即字符串)。

我建议的是循环遍历V1中的每一行，并对其应用您的gsub更改。这不是最快的方法，但它可以完成工作：

for(i in 1:nrow(df)){
  df[i,'V1'] <- gsub("cell1.ccs.bam", "cell2.ccs.bam", df[i,'V1'])
  df[i,'V1'] <- gsub("primers.fasta", "primers2.fasta", df[i,'V1'])
  df[i,'V1'] <- gsub("cell1.removed.ccs.bam", "cell2.removed.ccs.bam", df[i,'V1'])
  df[i,'V1'] <- gsub("#BSUB -J lima.cell1", "#BSUB -J lima.cell2", df[i,'V1'])
}