使用R从RNAseq结果摘要文件中提取多个基因集的数据

Question

我正在尝试从RNAseq结果摘要文件中提取几个基因集的数据：

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示例基因列表：

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我正在使用Excel首先突出显示重复的基因，对摘要文件进行排序，然后复制所需的数据。这是耗时的，Excel在排序时总是“冻结”，特别是对于大的基因列表。

我想知道R能不能做得更好。如果R可以是一个更好的解决方案，有人能提供代码吗？

Answer 1

我想我得到了解决方案，尽管我仍然需要逐个处理这些列表。无论如何，它比Excel更快。:)

# read the RNAseq result summary file
result <- read_excel("RNAseq_Result.xlsx")

# read the gene lists file
geneset <- read_excel("Gene set list.xlsx")

# read one specific list from the gene lists file
ListA <- geneset$ListA

#subsetting
ResultListA <- result[(result$Gene_name) %in% ListA, ]

#output file
write.csv(ResultListA, 'ResultListA.csv')