Sushi plotBedgraph和plotBed函数会产生错误

Question

我想用Sushi包的plotBedGraph和plotBed函数将我的数据绘制成床上图和床上文件格式。我使用Bedtools从我的bam文件中生成了这两个文件。此外，我运行了Sushi package提供的示例数据集，以查看我的软件包安装和依赖项是否存在并运行正常，一切工作正常。我导入了我的床图文件，并使用plotBedgraph函数绘制数据集，如下所示：

# import bedgraph file
```A24H1.bedgraph <- read.delim("A24H1.bedgraph", header = FALSE)```

根据Sushi示例数据集重命名colname

colnames(A24H1.bedgraph) <- c("chrom", "start", "end", "value")plot datachrom = "Chr"

chromstart = 0

chromend = 10835

plotBedgraph(A24H1.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol = SushiColors(5))函数产生了以下错误:1“在绘制范围内没有足够的数据”

我检查了我的床单文件的结构，如下所示：

```str(A24H1.bedgraph)```

'data.frame'：6162个obs。共4个变量：

$ chrom:因子w/ 1级别"TBEVHypr(TEU39292)"：1 1 1 ...

$ start: int 0 1 4 16 17 18 24 25 26 27 ...

$ end : int 1 4 16 17 18 24 25 26 27 28 ...

$ value: int 5 6 10 8 5 8 11 55 57 58...

The bedgraph structure corresponds to that of example bedgraph file provided by Sushi package. I also extracted the mapped reads from my bamfile and mapped them in Geneious to see that the reads actually map to my reference so I know that there is enough reads to be mapped.

Additionally I experienced an error when using plotBed function:

```javascript

导入床图文件

A24H1.bed <- read.delim("A24H1.bed",header = FALSE)根据苏州示例数据集colnames(A24H1.bed) <- c("chrom", "start", "end", "name", "score", "strand")重命名列名称

chrom = "Chr"

chromstart = 0

chromend = 10833

plotBed(beddata = A24H1.bed,chrom = chrom,chromstart = chromstart,chromend = chromend,colorby = A24H1.bed$strand,colorbycol = SushiColors(2),row = "auto",wiggle = 0.001)

该函数产生了以下错误：

seq.default(min(vec)，max(vec)，length.out = num)出错：

“‘from”必须是有限的数字

此外:警告消息：

1:以min(vec)为单位:无非缺失参数，返回NA

2: In max(vec)：无非缺失参数，返回NA

此外，我还检查了我的床文件的结构，如下所示：

str(A24H1.bed)'data.frame'：49000个obs。共6个变量：$ chrom : chr "TBEVHypr(TEU39292)“"TBEVHypr(TEU39292)”... $ start : int 0 0 0 1 4 4 4 ... $ end : int 17 17 42 16 16 17 36 36 36 ... $ name : chr "HISEQ:1014:CCU0AANXX:1:1107:9256:84705“"HISEQ:1014:CCU0AANXX:1:1109:3798:5998”"HISEQ:1014:CCU0AANXX：1:1307:20106:47604“"HISEQ:1014:CCU0AANXX:1:1310:6646:43722”... $ score : int 255 255 255 ... $ strand: chr "+“"-”...

我是一个R初学者，我不知道如何才能找到问题所在。我将很高兴得到任何建议，因为我已经在谷歌上搜索了很多小时类似的问题，似乎没有其他人对这些寿司功能有任何问题。谢谢

Answer 1

根据请求，只需将此作为答案重新发布：

发布的代码中的chrom = "Chr"将分配不存在的染色体名称Chr，因此没有要绘制的数据。改用chrom = "TBEV_Hypr_(TEU39292)"应该可以解决这个问题。