如何使用case_when创建列表

Question

我有一份清单，如下：

   tryout<- list(c("stomach:biopsy", ",colon:biopsy", ",stomach:biopsy"), 
        character(0), character(0), "oesophagus:biopsy", character(0), 
        character(0))

我想用数字1替换术语"stomach:biopsy"。我想用来自dplyr的case_when来实现

我试过了：

lapply(tryout, function(x) 
    x %>% 
           mutate(group = case_when( 
             grepl("stomach:biopsy",x ) ~ 1
           )))

但是我得到了一个错误：

Error in UseMethod("mutate_") : 
  no applicable method for 'mutate_' applied to an object of class "character"

那么，如何为嵌套列表运行case_when呢？

Answer 1

由于有许多空白元素，我们可以创建一个索引来检查是否至少有一个元素。基于模式的list和replace子集

i1 <- lengths(tryout) > 0 
tryout[i1] <-  lapply(tryout[i1], function(x) replace(x, x == 'stomach:biopsy', 1))

如果是部分匹配，则使用grep，就像在OP的post中一样

tryout[i1] <-  lapply(tryout[i1], function(x) 
           replace(x, grep('stomach:biopsy', x), 1))

更新

根据OP的评论，有多个模式需要替换。在这种情况下，最好创建一个键/val数据集或命名向量，然后执行left_join/match等操作。在这种情况下，由于是部分匹配，因此最好使用fuzzyjoin中的regex_left_join

library(fuzzyjoin)
library(tidyverse)
# create a key/val tibble
d1 <- tibble(key = c("stomach:biopsy", "colon:biopsy", 
             "oesophagus:biopsy"), val = 1:3)

# loop through the list elements having at least one element
# left join with the key/val dataset
# pull the column of 'val'
# update the list elements
tryout[i1] <- map(tryout[i1], ~ 
                tibble(key = .x) %>%
                  regex_left_join(d1) %>%
                  pull(val))

Answer 2

检查此解决方案：

library(tidyverse)

tryout <- 
  tibble(
    var = list(
      c("stomach:biopsy", ",colon:biopsy", ",stomach:biopsy"), 
      character(0),
      character(0),
      "oesophagus:biopsy",
      character(0), 
      character(0))
  )

tryout %>%
  mutate(var = map(var, ~case_when(
    .x == 'stomach:biopsy' ~ '1',
    TRUE ~ .x
  ))) %>%
  pull(var)