通过动态网络可视化改变节点颜色

Question

我正在尝试创建一个网络动画，显示节点如何随着时间的推移而改变状态。使用案例是新冠肺炎的联系人跟踪。我使用了一个基于代理的模型来模拟新冠肺炎传播。我从中提取了我的联系网络。我正在努力弄清楚tsna包如何改变每个时间片的节点颜色(疾病状态)。这是我的数据和渲染尝试：

# load libraries

require(sna)
require(tsna)
require(ndtv)

# get data

url <- "https://github.com/aterhorst/data/blob/master/dynamic_network.Rdata?raw=true"
download.file(url, destfile= "data/dynamic_network.Rdata", mode = "wb")

# load data

load("data/dynamic_network.Rdata")

# create a dynamic network object

nd <-networkDynamic(edge.spells = edges,
                    vertex.spells = nodes)

# render dynamic network object

compute.animation(nd,
  animation.mode = "kamadakawai",
  slice.par = list(
    start = 1,
    end = 12,
    interval = 1,
    aggregate.dur = 2,
    rule = "any"))


render.d3movie(nd,
  vertex.col = nodes$col,
  displaylabels = TRUE)

因为我的基于代理的模型非常小，边缘在第12天就消失了。基本上，到那时每个人都已经接触到了病毒，所以进一步接触没有什么不同。我的模特不再关心我了。您在我的示例中看到的是静态节点颜色。我想看到的是节点颜色随着疾病状态的变化。有没有人能帮我解决这个问题？

Answer 1

我只是在networkDynamic语句中添加了以下内容：

nd <-networkDynamic(edge.spells = edges,
                    vertex.spells = nodes,
                    create.TEAs = TRUE)

我试图指定vertex.TEA.names = "col"，但却抛出了一些东西。省略它就解决了我的问题。

茶的事情非常令人费解，对于我这样的笨蛋来说，在线教程可以更好地解释这一点。这就是说，它是自由软件，我感谢sna/tsna/ndtv的创建者们的贡献。