按频率递减顺序排序

Question

我希望能够以频率递减的顺序显示输出。如果两个或多个密码子具有相同的频率，脚本应该使用密码子的字母顺序打破平局。在本例中，cag和gtt各只出现一次，但因为c在g之前，所以cag在上面的gtt之前。

当我运行脚本时

cat test
aacgtttgtaaccagaactgt
./histogram test
3 aac 
1 gtt 
2 tgt 
1 cag 

相反，我希望能够做到

./histogram test
3 aac

2 tgt

1 cag

1 gtt

下面是我所做的

declare -a codons=(aac gtt tgt cag)

for items in  ${codons[@]}
do

        count=$( grep -o $items $1  | sort  -k1,1nr -k2,2 | wc -l)

     # count=$( grep -o $items $1 | uniq -c | wc -l | sort  -k1,1nr -k2,2  )
        echo "$count $items "
done

Answer 1

只需对输出进行排序。

./histogram test | sort -k1,1nr -k2,2

如果你想在你的脚本中包含sort，你可以把它附加在循环的done后面：

...
done | sort -k1,1nr -k2,2

顺便说一句：sort | wc -l是浪费时间，因为sort不会改变行数。只需使用wc -l即可。

对于./histogram test this should print的示例输出

3 aac
2 tgt
1 cag
1 gtt