R:绘制图形(ggplot与autoplot)

Question

我正在学习这里的R教程https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/

我工作时使用的电脑既没有互联网接入，也没有USB接口--它只有R和一些预装的库。本教程要求"survival“、"ggplot2”、"ranger“、"dplyr”和"ggfortify“。我工作用的电脑除了ggfortfiy之外，所有这些库都有。显然，本教程中的一些绘图需要来自ggfortify库的名为"autoplot“的函数。

当我尝试运行教程中的代码时：

#load libraries
library(survival)
library(ranger)
library(ggplot2)
library(dplyr)

#load data
data(veteran)
head(veteran)

# Kaplan Meier Survival Curve
km <- with(veteran, Surv(time, status))
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=veteran)

#plot(km_fit, xlab="Days", main = 'Kaplan Meyer Plot') #base graphics is always ready


#here is where the error is 
autoplot(km_fit)

我得到以下错误：Error: Objects of type survfit not supported by autoplot.

有人知道怎么解决这个问题吗？有没有可能在没有ggfortify库的情况下绘制类似的图？它可以只用ggplot2制作吗？

在我的个人计算机上，一旦安装了ggfortify库，我就可以绘制这个图。

(注意:我也没有"survminer“库)

谢谢

Answer 1

是的，这是可能的，因为autoplot函数在幕后使用了ggplot2：

tibble(time = km_fit$time, surv = km_fit$surv, 
       min = km_fit$lower, max = km_fit$upper) %>% 
  ggplot(aes(x = time)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)