Biopython安装

Question

我已经安装了python-biopython，并成功地在python脚本中使用了以下内容：

import Bio

但是它最终停止了工作，现在，即使在卸载和重新安装之后，我也无法成功地使用python2.7x导入。我得到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named Bio

要求的产出：

apt-缓存策略的输出：

python-biopython:
  Installed: 1.63-1
  Candidate: 1.63-1
  Version table:
 *** 1.63-1 0
        500 http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty/universe amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status

find $(python -c "import sys；print‘n’..join(sys.path)“) -type d -name‘Bio’的输出：

find: `/home/alex/anaconda/lib/python27.zip': No such file or directory
find: `/home/alex/anaconda/lib/python2.7/lib-old': No such file or directory

python -c的输出"import；print‘\n’..join(sys.path)“似乎没有列出：

/home/alex/anaconda/lib/python27.zip
/home/alex/anaconda/lib/python2.7
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/plat-linux2
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/lib-tk
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/lib-old
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/lib-dynload
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/site-packages
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/site-packages/Sphinx-1.3.1-py2.7.egg
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/site-packages/cryptography-0.9.1-py2.7-linux-x86_64.egg
/home/alex/anaconda/lib/python2.7/site-packages/setuptools-18.1-py2.7.egg

apt-缓存策略python的输出：

python:
  Installed: 2.7.5-5ubuntu3
  Candidate: 2.7.5-5ubuntu3
  Version table:
 *** 2.7.5-5ubuntu3 0
        500 http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty/main amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status

Answer 1

我想作为一个评论回答，但我需要一些声誉来写评论。所以我在这里写。

我使用现成的虚拟盒子系统。据我所知，在该系统中，QIIME使用不同的路径设置方法。在".bashrc“文件中，它使用activate.sh，如

source /home/qiime/qiime_software/activate.sh

在activate.sh文件中，您可以找到行

export PYTHONPATH=/home/qiime/.../:/home/qiime/.../:
/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/`

您应该在路径后面添加":/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/“来编辑该文件，并使用以下命令再次执行该文件

source /home/iime/qiime_software/activate.sh

我从你的问题和答案中得到了一个解决办法。谢谢。