从软件中心安装较旧的软件。其他地方有更新的版本。如何更新？

Question

我是Ubuntu的新手，我刚在一台专用机器上安装了13.04。

我想更新最新版本的科学软件，即Bowtie、Tophat和Samtools，但我不知道如何更新，因为软件中心没有更新版本。顺便说一下，这些软件只是命令行。

我会以鲍迪为例。我从Ubuntu软件中心安装了它，但它是一个旧版本。因此，我从开发人员的网站下载了最新版本，并在我的主目录中解压缩了预编译的包。软件中心在/usr/bin/中安装了旧版本，在/usr/share/doc/和/usr/share/man 1/等其他位置安装了一些文件。我的理解是，拥有/usr/bin/中的二进制文件使所有用户都可以使用它，并允许从命令行调用它，而不必键入完整的路径。因此，为了更新软件，我是否用更新的版本覆盖usr/bin/和其他地方的其他文件中的二进制文件？我觉得很尴尬。我怀疑一定有一些Linux命令来实现这个目标，但我找不到它。

谢谢你们的帮助。

Answer 1

您不应该覆盖/usr中的文件--它们由Ubuntu管理，并且在Ubuntu背后手动修改文件会导致问题(例如，Ubuntu将覆盖您的更改，当更新的包版本出现在存储库中时)。

正如Bruno Pereira所说，安装每个应用程序的方法可能不同，但是，有几个共同的位置：

• 您可以在/usr/local中安装自定义应用程序。
• 您可以将应用程序安装在/opt的子目录(例如，/opt/bowtie )中，并将后者添加到PATH中。
• 如果您只需要一个用户的应用程序，您可以将其保存在您的主目录中--如果您在主目录中创建一个名为bin的目录，并在该应用程序的二进制文件中添加一个符号链接，您就可以通过在终端中键入应用程序名来运行该应用程序

(您还可能希望确保完全删除了Ubuntu提供的应用程序版本，以尽量减少意外运行错误版本的可能性)

Answer 2

您可以在Ubuntu系统上更新所有软件，如下所示：

sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

或

sudo apt-get install bowtie

您可以使用安装，它将检查最新版本。

我希望这能帮到你