创建包含带有路径的文件名的列表

Question

我有一个目录(INPUTDIR)，其中示例名为子目录(508_C，540_C，570_D等)，.Within每个子目录下都有另一个名为FASTQ的目录，其中包含两种文件。

例如：

540_Ct_1.fastq.gz

540\_Ct\_2.fastq.gz

我想要创建两个列表，第一个列表具有带路径的所有_1.fastq.gz文件名，另一个具有带有路径的_2.fastq.gz文件名。

目录结构是

INPUT DIR > 508_C >FASTQ > 508_1.fastq.gz 508_2.fastq.gz
INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_1.fastq.gz 540_Ct_2.fastq.gz
INPUT DIR > 570_D >FASTQ >570_Ct_1.fastq.gz 570_Ct_2.fastq.gz

INPUTDIR是主要目录，我想在这个目录中创建两个列表。其中一份清单包括：

/home/user/INPUT DIR > 508_C >FASTQ > 508_1.fastq.gz 
/home/user/INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_1.fastq.gz 
/home/user/INPUT DIR > 570_D >FASTQ > 570_Ct_1.fastq.gz 

第二份清单包括：

/home/user/INPUT DIR > 508_C >FASTQ >508_2.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_2.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 570_D >FASTQ >  570_Ct_2.fastq.gz

谢谢,

罗恩

Answer 1

cd INPUTDIR
find . -name \*1.fastq.gz > list1
find . -name \*2.fastq.gz > list2

“列表”文件中的路径将相对于当前目录。如果您想要绝对路径，请使用

find "$PWD" -name \*1.fastq.gz > list1