为什么Perl在生物信息学中被大量使用？

Question

Perl是什么使它在生物信息学中如此有用的？为什么C++、Matlab或Python不是大语言呢？

Answer 1

使Perl对生物信息学如此有用的是: 1)它是一种相对容易学习的语言；2)有许多预先存在的脚本可供使用，包括bioPerl；3)您工作的实验室有数百个脚本和模块，已经用Perl编写了。

程序员的水平与语言的选择没有多大关系，然后是对他的任务要求。任何高级或计算昂贵的作业通常都是用Java或C编写的，并在集群上运行。

关于生物信息学，有一件事需要理解，那就是生物信息学是一个多元化的领域，对于实践生物信息学的人来说，这是一个不同的任务。在一天内使用Perl、R和Java对我来说并不少见。Perl用于脚本编写、文件移动、下载、一些基本数据分析等，R用于数据可视化，Java用于算法计算/处理和修改应用程序。尽管如此，我确实需要使用Perl的大多数任务，但是，我想切换到Ruby，因为它有更高级的函数lambdas & procs，可以导致更简洁的代码，并且完全面向对象。

Answer 2

除了Perl固有的优点外，这部分只是历史。在世纪之交，由于人类基因组计划，生物信息学有了很大的扩展。当时Perl是目前为止最流行的脚本语言。Ruby和Python确实存在，但它们现在的支持/思想共享程度几乎没有那么高。这在这个领域给Perl带来了很大的动力。

我认为Perl在生物信息学中的应用正在减少，而R的流行程度正在迅速增加。但是对于你想说的任何语言，你都可以找到一个生物信息学实验室。

Answer 3

我要在这里补充一个答案，因为我认为很多人错过了一个关键点.

Perl在生物信息学中很受欢迎，因为它最初是一种文本处理语言.

文本是

国王

Perl使您很容易：

• 实现NLP和生物信息学算法，
• 提取文本数据，
• 生成文本数据。

语言不是(半)坏的

它还具有以下优点：

• 体面的表现力，
• 一个相对较低的学习曲线(直到你发现它的所有技巧和技巧)，
• 也是一场不错的表演。

虽然它不允许创建运行速度与C相当的处理程序，但是开发时间很差，在文本处理(强大的正则表达式，有人吗？)中包含了电池，因此在实验室环境中很容易获取和使用以解决这些任务。

的可移植性和扩展性使

变得简单

此外，它显然还：

• 在很多平台上都可以移植，
• 附带了一个非常大的扩展库。

但是，首先，Perl的生物信息学(以及一般的科学)扩展和模块如此之多，原因在于上面给出的原因。在许多情况下，语言的设计和能力使它几乎完美地适合这份工作(尽管人们可能会对它抱有许多怨恨)。

所有这些都使Perl成为科学研究的有力竞争者，特别是在要处理的数据大多以文本格式处理的领域。

当然，由于不同的原因(增强的表现力、更好的可读性、明确地避免了晦涩的黑客和权威的一行程序.)，其他语言也出现了市场份额，但它们仍然在某些方面与Perl竞争(例如，Ruby的学习速度和处理数据的速度一样慢)。因此，在生物信息学( NLP)领域，您需要处理文本格式、快速的研究周期和越来越大的数据(谢谢，基因组学和NGS)，Perl仍然非常重要。

实际上，刚刚注意到了maple、查尔斯和戈夫杰特的S评论，它们也提到了正则表达式的重要性，所以不是每个人都忽略了这一点。)