什么是编写基本LIMS代码的最佳方法？

Question

我希望我在正确的地方提出正确的问题。如果没有，请毫不迟疑地给我指出正确的地方。我在一个实验室工作，那里的计算机/编程/程序员都只是作为支持。但我认为，我们需要更好的信息组织和管理。鉴于实验室产生的各种信息，我认为我们需要某种实验室信息管理系统。这样做有一个好的起点吗？我自己不是一个受过训练的程序员。我可以相当好地用python和R编写代码，如果有必要，我可以学习MySql、php。

Answer 1

从这样的事情开始最好的地方是创建定义良好的需求。你需要确切地知道你想让系统做什么。

以下是对自己和编程团队有用的问题：

1. NIH团队是否愿意为此分配资源？
2. 是否存在任何关键的HIPAA/隐私/可追溯性问题？
3. 是否有任何政府对样品处理的规定需要遵守？
4. 您可以使用的编程资源的技能(和能力)是什么？例如，以前是否有人参与过大型项目？

希望上面的答案都是积极的。

如果您有一个从零开始构建的令人信服的理由，请将注意力集中到一个较小的范围内，并将重点放在几个核心领域上。如果您有来自多家供应商的设备，则接口可能会引起一些严重的头痛。任何遵守法定审计跟踪的尝试也是如此。我还建议在这个站点和其他地点上看看软件开发的过程，以了解您可能需要解决的一些问题。

如果您愿意引入一个系统，您可以考虑将许多开放源码解决方案作为起点；作为开放源码，您可以根据需要对定制进行黑客攻击，甚至还可以为项目做出贡献：

• 开放-LIMS：基于PHP的；看起来有点不成熟(仍处于预览阶段)，但却是一个参与基层工作的好机会。
• Bika LIMS：基于Plone的(Python)；看起来很成熟，有专门的版本
• 拉布玛蒂卡：Java/MySQL；有多个许可选项，但可能不再是活动的

这是其他潜在来源的列表。

Answer 2

考虑到你不是一个受过训练的程序员(或者是贸易开发人员)，我的建议是尝试买一些现成的东西，或者至少把它外包给专业人士。

我目前正在维护一个半内部构建的LIMS应用程序，这个应用程序最初是由一个非程序员/非开发人员构建的；正因为如此，它存在很多问题。建造房屋的人确实很聪明，但由于这不是他们的专长/行业，他们做出了一些早期的选择，使得未来的维护变得更加困难。

话虽如此，仍有一些问题将产生于实验室认证(它是否做了足够的跟踪工作，或者对实验室进行了适当的跟踪，以便对其进行适当的认证)。而且，每个实验室人员(技术/化学家)都希望这个应用程序能准确地定制他们的工作方式(不管这是否是最好的方法)，市场上没有任何东西适合他们的个人需求。

Answer 3

取决于您的工作地点(这意味着您可能需要许可证)，可能还有其他几种选择。皮姆斯和脊骨.或者，您也可以查看plammidb.sourceabet.net/Intro.phtml。

这些都是由分子生物学驱动的，或者是开源的，或者是来自学术界的，所以成本不应该是一个问题。如果他们不是你想要的，至少他们可以给你一个起点。