如何通过MPI运行Abinit？

Question

我试图并行地运行阿比，因为在顺序模式下运行时间太长了。我遵循了abinit教程中的所有步骤来并行运行它，他们说要使用OpenMPI，但我无法使它工作(它只是运行在我的8个核心之一)。我还跟踪了本教程，但它仍然只运行在1核心上。

看了看日志，我终于找到了一些可能是问题所在的东西：

您的架构无法处理16、8、4或2字节的FORTRAN文件记录标记！您不能使用ABINIT和MPI/IO. MPI_ERROR_STRING:未知错误。请提交一个名为report. ABINIT应用程序的bug MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD，13) - process 0

谷歌没有帮助；我的架构应该能够并行运行，因为我可以与Windows版本的abinit并行运行。

我能做些什么才能让它发挥作用？

Answer 1

有几件事可以导致这种情况：

1. mpi的不兼容版本，在您所链接的库、在执行时加载的库和最近版本的openmpi之间，都存在一些问题。
2. 缺少波函数或密度的输入文件。没有明确的错误消息，但这可以使mpi io适配并挂起作业。
3. 不兼容的k点/带/fft wrt --您提供的处理器数，在默认的并行化中应该是nkpt的除数，并且在一般的np_kpt*np_band*np_fft情况下必须是paral_kgb的一个确切的除数。

尝试按顺序运行或使用较少的处理器来查看问题所在，或者链接到旧版本的mpi (1.2.6通常是可以的)您还应该检查tmp_XXX_LOG_P001 002 003文件，这些文件记录来自每个处理器的错误。他们会给你更多的提示。