RDkit的更新

Question

我使用下面的代码按照下面的RDkit命令安装了网站，

sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data

但是，当我使用下面的代码(在python中)检查版本时，请遵循这个网页的说明

>>> import rdkit
>>> from rdkit import rdBase
>>> rdBase.rdkitVersion
'2013.09.1'

我不知道最新的版本。

如何在命令行的ubuntu或python中更新此版本？

系统细节

>>> import sys
>>> print(sys.version)
2.7.6 (default, Nov 23 2017, 15:49:48) 
[GCC 4.8.4]

和Ubuntu

lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 14.04.5 LTS
Release:    14.04
Codename:   trusty

如果有兴趣的话，我想运行一段叫做拿走_初等_步骤的python代码。

Answer 1

要更新RDKit，必须从源代码编译它。这看起来并不是微不足道的事情。

这就是说，我从Ubuntu获得了rdkit源代码(正在开发中，但这是Debian的最新版本)，并将其移植到PPA中以获得信任和Xenial。

您可以执行以下操作来安装python-rdkit的更新版本(我仍然在努力使这个包适应最新的RDKit，但我不能保证我会提供持续的更新)：

sudo apt-get remove python-rdkit
sudo apt-get autoremove
sudo add-apt-repository ppa:teward/python-rdkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-rdkit

虽然这也将清除其他过时的软件包等，但它应该安装一个更新版本的RDkit (从2016年3月开始)。

(我仍在研究是否有一个更新的RDKit包.)

Answer 2

如果我搜索rdkit

apt search rdkit

我得到了“python/xenial 201503-3 amd64”作为条目之一。版本号是201503-3。

我只是试着像你一样安装它

sudo apt install python-rdkit

当我导入并检查版本时：

>>> rdkit.rdBase.rdkitVersion
'2015.03.1'

这是一个比你的新版本至少，所以也许尝试重新安装？

还请注意，这是针对python 2.7.12的