如何连接文件并根据另一个文件的匹配给输出提供另一个名称？

Question

我有一个目录data，其中有几个fastqs，如下所示：

SRR13456784_1.fastq
SRR13456784_2.fastq
SRR13456784_3.fastq

SRR13456785_1.fastq
SRR13456785_2.fastq
SRR13456785_3.fastq

SRR13456786_1.fastq
SRR13456786_2.fastq
SRR13456786_3.fastq

SRR19876543_1.fastq
SRR19876543_2.fastq
SRR19876543_3.fastq

SRR19876544_1.fastq
SRR19876544_2.fastq
SRR19876544_3.fastq

我有一个details.txt分隔文件，其中有两列ID and Sample。我想将匹配样本的ID连接起来，并给出输出的示例名。

    ID        Sample
SRR13456784 GJK1234567
SRR13456785 GJK1234567
SRR13456786 GJK1234567
SRR19876543 GJK2444103
SRR19876544 GJK2444103

对于其中一个文件，我连接如下：

cat SRR13456784_1.fastq SRR13456785_1.fastq SRR13456786_1.fastq > GSK1234567_1.fastq

cat SRR13456784_2.fastq SRR13456785_2.fastq SRR13456786_2.fastq > GSK1234567_2.fastq

cat SRR13456784_3.fastq SRR13456785_3.fastq SRR13456786_3.fastq > GSK1234567_3.fastq

上面的txt文件就是一个例子，但在我的原始文件中，有300个is与50个示例匹配。

有人能告诉我如何在一个脚本中进行连接并给出输出的示例名吗？谢谢。

Answer 1

你可以这样做：

$ tail -n +2 details.txt | 
   while read -r id sample; do 
     for i in {1..3}; do 
       cat < "${id}_${i}".fastq >> "${sample}_${i}".fastq
     done
   done

需要tail +2来跳过头(ID Sample)。然后，我们对其余的行进行迭代，将id和样本保存在相应的变量中，然后在数字1到3上进行第二个循环，并将相关文件连接起来。将从示例输入运行的命令如下：

$ tail -n +2 details.txt | while read -r id sample; do for i in {1..3}; do echo "cat \"${id}_${i}\".fastq >> \"${sample}_${i}\".fastq"; done; done
cat "SRR13456784_1".fastq >> "GJK1234567_1".fastq
cat "SRR13456784_2".fastq >> "GJK1234567_2".fastq
cat "SRR13456784_3".fastq >> "GJK1234567_3".fastq
cat "SRR13456785_1".fastq >> "GJK1234567_1".fastq
cat "SRR13456785_2".fastq >> "GJK1234567_2".fastq
cat "SRR13456785_3".fastq >> "GJK1234567_3".fastq
cat "SRR13456786_1".fastq >> "GJK1234567_1".fastq
cat "SRR13456786_2".fastq >> "GJK1234567_2".fastq
cat "SRR13456786_3".fastq >> "GJK1234567_3".fastq
cat "SRR19876543_1".fastq >> "GJK2444103_1".fastq
cat "SRR19876543_2".fastq >> "GJK2444103_2".fastq
cat "SRR19876543_3".fastq >> "GJK2444103_3".fastq
cat "SRR19876544_1".fastq >> "GJK2444103_1".fastq
cat "SRR19876544_2".fastq >> "GJK2444103_2".fastq
cat "SRR19876544_3".fastq >> "GJK2444103_3".fastq