如何在shell脚本中为命令指定多个输入

Question

我每个样本都有几个fastq文件，所有这些文件都应该同时作为输入提供(因为它们都属于一个样本，所以它们不应该被独立地对待，就像在一个for循环中一样，因为它们是一个样本的输入，所以应该一起处理)。

当s1示例只有三个fastq文件时，这是一个简单的示例：

NanoPlot -t 2 --fastq s1.reads1.fastq.gz s1.reads2.fastq.gz s1.reads3.fastq.g --maxlength 40000 --plots hex dot

现在假设我有超过100个用于s1的fastq文件，我如何修改命令以将它们全部作为输入？

Answer 1

因此，我的建议是向NanoPlot提供一个文件名作为参数，其中包含FASTQ文件列表，并相应地在程序中处理该列表。

NanoPlot -t 2 --fastq fastq_files.list --maxlength 40000 --plots hex dot

fastq_files.list的内容如下：

s1.reads1.fastq.gz
s1.reads2.fastq.gz 
s1.reads3.fastq.gz
...etc

Answer 2

如果这适用于NanoPlot：

NanoPlot -t 2 --fastq s1.reads1.fastq.gz s1.reads2.fastq.gz s1.reads3.fastq.gz --maxlength 40000 --plots hex dot

并且您希望传递所有文件名，从s1.开始，以.fastq.gz结尾，那么简单的shell glob也可以这样做：

NanoPlot -t 2 --fastq s1.*.fastq.gz --maxlength 40000 --plots hex dot

shell应该按照通常的字典顺序对文件名进行排序，因此数字排序为1 < 10 < 11 < 2等等，因此如果这一点重要的话，请小心。

如果希望程序看到包含来自所有此类文件的数据的单个文件，则可以使用cat进行进程替换(在Bash/ksh/zsh中)：

NanoPlot -t 2 --fastq <(cat s1.*.fastq.gz) --maxlength 40000 --plots hex dot