如何纠正sh脚本的这些行以避免“语法错误:文件的意外结束”

Question

#!/bin/sh

init=step5_input
rest_prefix=step5_input
mini_prefix=step6.0_minimization
equi_prefix=step6.%d_equilibration
prod_prefix=step7_production
prod_step=step7


# Minimization
gmx grompp -f ${mini_prefix}.mdp -o ${mini_prefix}.tpr -c ${init}.gro -r ${rest_prefix}.gro -p topol.top -n index.ndx
gmx mdrun -v -deffnm ${mini_prefix}

# Equilibration
cnt=1
cntmax=6

while [ ${cnt} <= ${cntmax} ]
    @ pcnt = ${cnt} - 1
    istep=`printf ${equi_prefix} ${cnt}`
    pstep= `printf ${equi_prefix} ${pcnt}`
    if [ ${cnt} == 1 ] then pstep=${mini_prefix}

    gmx grompp -f ${istep}.mdp -o ${istep}.tpr -c ${pstep}.gro -r ${rest_prefix}.gro -p topol.top -n index.ndx
    gmx mdrun -v -deffnm ${istep}
    @ cnt += 1
end

# Production
cnt=1
cntmax=10

while [ ${cnt} <= ${cntmax} ]
    @ pcnt = ${cnt} - 1
    istep=${prod_step}_${cnt}
    pstep=${prod_step}_${pcnt}

    if [ ${cnt} == 1 ] then
        pstep=`printf ${equi_prefix} 6`
        gmx grompp -f ${prod_prefix}.mdp -o ${istep}.tpr -c ${pstep}.gro -p topol.top -n index.ndx
    else
        gmx grompp -f ${prod_prefix}.mdp -o ${istep}.tpr -c ${pstep}.gro -t ${pstep}.cpt -p topol.top -n index.ndx
    endif
    gmx mdrun -v -deffnm ${istep}
    @ cnt += 1
end

Answer 1

您的代码包含几个错误。我不知道@在csh中意味着什么，也不知道这个是否有效。不同的shell在语法上有一些不同，因此您应该看看sh、bash、zsh、dash等中使用的语法。

这是sh脚本的有效语法：

#!/bin/sh

init=step5_input
rest_prefix=step5_input
mini_prefix=step6.0_minimization
equi_prefix=step6.%d_equilibration
prod_prefix=step7_production
prod_step=step7


# Minimization
gmx grompp -f ${mini_prefix}.mdp -o ${mini_prefix}.tpr -c ${init}.gro -r ${rest_prefix}.gro -p topol.top -n index.ndx
gmx mdrun -v -deffnm ${mini_prefix}

# Equilibration
cnt=1
cntmax=6

while [ ${cnt} -le ${cntmax} ]; do
    pcnt=$[ cnt - 1 ]
    istep=$(printf ${equi_prefix} ${cnt})
    pstep=$(printf ${equi_prefix} ${pcnt})

    #One liner if statement:
    if [ ${cnt} == 1 ]; then pstep=${mini_prefix}; fi

    gmx grompp -f ${istep}.mdp -o ${istep}.tpr -c ${pstep}.gro -r ${rest_prefix}.gro -p topol.top -n index.ndx
    gmx mdrun -v -deffnm ${istep}
    ((cnt += 1))

done

# Production
cnt=1
cntmax=10

while [ ${cnt} -le ${cntmax} ]; do
    pcnt=$(( cnt - 1))
    istep=${prod_step}_${cnt}
    pstep=${prod_step}_${pcnt}

    if [ ${cnt} -eq 1 ]; then
       pstep=$(printf ${equi_prefix} 6)
       gmx grompp -f ${prod_prefix}.mdp -o ${istep}.tpr -c ${pstep}.gro -p topol.top -n index.ndx
    else
        gmx grompp -f ${prod_prefix}.mdp -o ${istep}.tpr -c ${pstep}.gro -t ${pstep}.cpt -p topol.top -n index.ndx
    fi
    gmx mdrun -v -deffnm ${istep}
    cnt=$[ cnt += 1 ]
 done

而 while语句的有效语法应该是：

while [ expr ]; do
 code
done

#Or
while [ expr ]
do
 code
done

因此，如果您想要比较数字，您应该使用：

1. -le的意思是很少或等于
2. -eq的意思是等于
3. -lt意味着比
4. -ge的意思是伟大或等于
5. -gt的意思比

如果 if语句的有效语法应为：

if [ expr ]; then
 code
fi

#or

if [ expr ]
then
 code
fi

比较数字的expr与while费用相同。

Math操作在代码中有几种使用数学操作的方法，在这个脚本中，我使用了两种方法：

sum=$[ expr ]
#E.g.
pcnt=$[ cnt - 1 ]

和

sum=$(( expr ))
#E.g.
pcnt=$(( cnt - 1))

#or if you are not assign a value:
((expr))
#E.g.
((cnt += 1))

Setting变量当您设置某个变量时，如果您运行的话，您必须小心使用空格：

val = 10

这将导致一个错误:命令找不到。因此，有效的语法是：

val=10
val='something'
val="something"
val=$(command)
val="$(command)"
val=`command`
val="`command`"

关于将它们的输出分配给一个变量的run命令，我看到您有：

istep=`printf ${equi_prefix} ${cnt}`

与其使用val=**`command`**，不如使用val=$(command)，这更值得推荐：

istep=$(printf ${equi_prefix} ${cnt})