如何用awk计算生物信息学分析中的fpkm？

Question

这是我的密码：

awk -v "counts=170712" '{if(NR>1){print $1 "\t" 1000000*1000*$NF/($(NF-1)*counts)} else{print $1"\t"$NF}}' a.counts > a.fpkm.txt

但我知道这个错误：

awk: cmd. line:1: (FILENAME=BMXV02.counts FNR=2) fatal: division by zero attempted

我该换什么？

Answer 1

错误是告诉你什么是错误的:你试图除以零，这在数学上是非法的。这发生在文件BMXV02.counts的第2行。因为您的代码中唯一的除法是：1000000*1000*$NF/($(NF-1)*counts)，那么显然$(NF-1)*counts返回0。

推测，第2行的倒数第二个字段($(NF-1))是一个0。