根据多行诊断代码分配诊断类别

Question

我有一个包含5235名患者的数据集，每个患者在自己的行中都有来自第2:88列的可变数量的诊断代码(一些患者有1个代码，另一些患者有2个代码，依此类推)。每个都有自己的ID。

我有一个代码列表(例如，流感= 29，38，40)。如果存在代码(29、38、40)中的任何一个，我将尝试分配一个指示变量influenza =1。如果不存在任何代码，则流感=0。

我首先使用包含诊断代码的行创建了一个向量

varlist <- DXE[,2:88]

然后，我使用for循环来查看整个数据集。

for (col in varlist) { if (29 | 38 | 40 %in% varlist){ DXE$influenza == 1} else{DXE$influenza == 0}}

然而，当我查看输出时，整个“流感”行= 1。

Answer 1

我猜想，如果患者有流感代码之一，您希望将其赋值为1，如果没有，则将其赋值为0，您可以简单地创建一个布尔矩阵，然后找到rowMeans。任何大于0的rowMeans都会得到1，因为至少在其中一列中有一个流感条目

#simulate data
DXE = data.frame(ID=1:5235,
matrix(sample(1:200,5235*87,replace=TRUE),ncol=87))
head(DXE)
influenza_code = c(29,38,40)
DXE$influenza = as.numeric(rowMeans(DXE[,2:88]==29 | DXE[,2:88]==38 | DXE[,2:88]==40)>0)