两个文件之间的grep和文件1中的空行

Question

我对grep有个问题。

我有一个名为Uniprot_interactors.txt的文件，其中包含一个代码列表(例如。GRT986E)，有时在对象之间有一个或多个空行。

在其他一些情况下，我有一个对象，由两个部分组成，被一个低破折号分割(例如。TRY546 _ TRE578)，而这些行必须被视为空行。

在此之后，我有另一个文件Good_interactors.txt，它包含一个代码列表，每个人都有一个变量(es )。aaaaaa)是相关联的。我想从这些文件的output.txt中获得一个输出( grep )，但是我希望像在第一个文件中一样保持行为空。

举个例子：

• file1：UNIPROT_interactors.txt QR846OI PO3R56 UJ6Y68 YU654R PL92WS GH654Y _ HUY765R PIHYUD
• 文件2：GOOD_Interactors.txt TYRT68Y aaaaaaaaa QR846OI bbbbbbbbb FDR59I cccccccc PO3R56 ddddddd UJ6Y68 eeeeeee VFR6y7 fffffff gggggggg UH7609 hhhhhhhh
• 文件output.txt (文件1的相同格式) QR846OI bbbbbbbbb PO3R56 ddddddd UJ6Y68 eeeeeee YU654R PL92WS GH654Y _ HUY765R PIHYUD

我试着使用这段代码：

grep -f Uniprot_interactors.txt GOOD_interactors.txt > output.txt

但是文件1的格式未被保留，空行已被删除。

Answer 1

您不能在这里使用grep，因为grep的目的是提取匹配特定正则表达式的行(在某些情况下是单词)。grep实用程序不修改数据，这就是您想要做的事情(将数据添加到从一个文件到另一个文件的行)。

使用awk在以Uniprot标识符为键的关联数组names中保存良好的交互参与者。然后根据第一列中的Uniprot标识符输出这些交互器(同时在多个列的行上传递，或者没有未更改的已知良好的交互器)：

$ awk 'FNR==NR { names[$1] = $0; next } NF > 1 || !($1 in names) { print; next } { print names[$1] }' GOOD_Interactors.txt UNIPROT_interactors.txt
QR846OI bbbbbbbbb

PO3R56 ddddddd
UJ6Y68 eeeeeee


YU654R

PL92WS
GH654Y _ HUY765R
PIHYUD gggggggg

请注意，我们将两个文件作为awk命令的输入。在读取第一个文件时，只会触发具有FNR==NR条件的块，而在读取第二个文件时将跳过该块。

特殊变量FNR、NR和NF分别是从当前文件中读取的记录数(行)、在所有文件中读取的记录数以及当前记录中的字段数(列)。

Answer 2

在file1读取线上循环，如果空回，则返回相应的grep数据并打印出来。

while read line ; do
    if ((${#line}));then
        grep "${line}" file2
    else
        echo
    fi
done < file1 > output.txt

或

file2content="$(cat file2)";
while read line ; do
    if ((${#line}));then
        grep "${line}" <<< "${file2content}"
    else
        echo
    fi
done < file1 > output.txt