用染色体对文件行进行数字排序？

Question

我有几个列的遗传变异数据，目前我的变体/谱线排列错误，需要按染色体分类。我尝试过几种方法来做这件事，使用类似问题的答案，但没有一种有效，主要是给我空文件。

目前我的染色体顺序是：

1
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
2
20
21
22
3
4
5
6
7
8
9

这些行需要按从1上升到22的顺序排序。

我试过：

sort -k 1,1 -k2,2n file.avinput > test.avinput

sortBed -i file.avinput >  test.avinput 

sort -k1,1V -k2,2g file.avinput > test.avinput

bedtools sort -g file.bed> test.avinput #gives *ERROR: Need -i BED file.

这些都会运行，但是当我尝试head test.avinput时，它不会给我任何东西，或者当我检查awk '{print $1}' test.avinput | sort -u时，订单仍然是错误的--我还能尝试改变它吗？

下面是几行代码的一个例子：

File.avinput：#3列是染色体，开始和结束-我没有标题

1    10  11
10   200 201
2    20   21
22   2000 2001

预期有序产出

1    10  11
2    20   21
10   200 201
22   2000 2001

目前，尝试使用sort -n的任何形式都会给出一个空文件。

Answer 1

根据更改的任务更新。

创建数据的file1文件：

$ cat file1
1    10  11
10   200 201
2    20   21
22   2000 2001

现在，我们对文件行进行排序，并将结果写入file2：

$ cat file1|sort -n > file2

或者我们甚至可以简化它：

$ sort -n file1 > file2

检查file2中的结果：

$ cat file2
1    10  11
2    20   21
10   200 201
22   2000 2001