为同时运行的多个文件输出stdout和stdin

Question

我有下面的命令，它对bam文件起作用

reformat.sh in=test.bam out=stdout.fq primaryonly | reformat.sh in=stdin.fq out1=r1.fq.gz out2=r2.fq.gz interleaved addcolon

这里的想法是避免将第一个命令(reformat.sh)的输出写入文件，从而提高了总体速度。

我的当前工作目录中有几个bam文件，我希望在集群上并行运行它们。如何在上面的命令中使用stdout.fq和stdin.fq，以便在同时处理多个bam文件时，stdout.fq/stdin.fq不相互干扰？

谢谢

Answer 1

你被文件扩展名弄糊涂了。没有这回事。自从MS和CPM之后就没有了。微软的Windows仍然使用它们来触发文件资源管理器中的操作，但它们只是文件名的一部分。

因此，stdout和stdout.fq是不同的文件。stdout的名字也是/dev/stdout，stdin是/dev/stdin