操作shell脚本

Question

我有一个shell脚本，它做一些事情，比如在变量中存储值。举个例子，这里是我的脚本：

for i in ../../*.bam
do
        fn=$(basename $i)
        fn=${fn%_Aligned.sortedByCoord.out.bam}

        bamToBed -i $i | awk -v OFS="\t" '{if($6 ~ /+/){print $1,$2+67,$2+67+1,$4,$5,$6}else{print $1,$3-67-1,$3-67,$4,$5,$6}}' | awk -v OFS="\t" '$3 > 0' > ${fn}_pos.bed

        sortBed -g $genome -i ${fn}_pos.bed > ${fn}_n_pos.bed

        mv ${fn}_n_pos.bed ${fn}_pos.bed

        perl counter.pl ${fn}_pos.bed | sortBed -g $genome -i stdin | intersectBed -g $genome -sorted -a <(cat $genome | awk -v OFS="\t" '{print $1,"0",$2}') -b stdin -wa -wb | cut -f 4-7 > ${fn}.bedGraph

        bedGraphToBigWig ${fn}.bedGraph $genome ${fn}.bw

        a=`samtools view $i | wc -l`

        intersectBed -g $genome -sorted -c -a <(cat test.bed | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2-50,$2+400,$4,$5,$6}') -b ${fn}_pos.bed | cut -f 4,7 | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}'> ${fn}_IP_count.txt

        cat ${fn}_IP_count.txt | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}' > final.txt
done

正如您在代码中看到的那样，我已经声明了一个变量a。这有一个数字。然后，我创建了一个2列文本文件(选项卡分隔的${fn}_IP_count.txt )--我想在这个文件中添加第三列，其中第三列是存储在变量a中的值。例如，2列文件如下所示：

gene1   200
gene2   23
gene3   45
gene4   10

假设变量a中存储的值为245676，那么我希望输出存储在第三列中，如下所示

gene1   200 245676
gene2   23  245676
gene3   45  245676
gene4   10  245676

我试过使用awk，但我没有得到正确的答案。任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

使用OFS传递其他变量的方式与传递-v的方式相同

例如。

awk -v OFS="\t" -v a="$a" '{print $1,$2,a}'