命令对表中的一组条目进行汇总。

Question

我有一个表，它显示在一个OTU(行)中聚集了多少个ASV(列)。每个ASV由1的值表示。

#OTUID    ASV_1    ASV_2    ASV_3    ASV_4    ASV_5    ASV_6    ASV_7    ASV_8    ASV_9    ASV_10
OTU1    1    0    0    1    0    0    0    0    0    1
OTU2    0    1    0    0    1    0    0    0    0    0
OTU3    0    0    0    0    0    1    0    1    1    0

我想把这张表概述如下：

#OTUID    ASVs
OTU1    ASV_1, ASV_4, ASV_10
OTU2    ASV_2, ASV_5
OTU3    ASV_6, ASV_8, ASV_9

帮帮忙吧。

Answer 1

下面的脚本假设您希望为每个输入行上的所有列(在第一个标题行之后)打印列名称，这些列的值 1。

#!/usr/bin/perl

use strict;

my @titles=();

while(<>) {
  if ($. == 1) {
     @titles = split;         # get column titles
     print "#OTUID\tASVs\n";  # print the new output header
     next;
  };
  chomp;

  my @F=split;       # split the input line into fields, store in array @F

  my @ASVs=();       # @ASV array holds the titles for each matching field.

  foreach my $asv (1..$#F) {
    push @ASVs, $titles[$asv] if ($F[$asv] == 1);
  };

  print "$F[0]\t", join(",", @ASVs), "\n";
}

将其保存为，例如，alex.pl，使其与chmod +x alex.pl一起执行，并按如下方式运行：

$ ./alex.pl input.txt 
#OTUID  ASVs
OTU1    ASV_1,ASV_4,ASV_10
OTU2    ASV_2,ASV_5
OTU3    ASV_6,ASV_8,ASV_9

Answer 2

$ perl -lane '$,="\t";
   $. == 1 and do{ $h{$_} = $F[$_] for 1..$#F; print $F[0], "ASVs"; next; };
   print $F[0], join ", ", map { $h{$_} } grep { $F[$_] == 1 } 1..$#F;
' file

<#>结果：

#OTUID  ASVs
OTU1    ASV_1, ASV_4, ASV_10
OTU2    ASV_2, ASV_5
OTU3    ASV_6, ASV_8, ASV_9