如何提取每个文件位于单独子文件夹中的数千个文件？

Question

我有一个文件夹，里面有三千名受试者的影像数据。每个主题的文件夹中都有许多其他文件夹。我想使用一个循环从每个子文件夹中提取一个文件，并将它们移到另一个目录中，并根据病人ID重命名它们。例如，/imaging/data/ 1100232 /free surfer/MRI/lh_ribbon.mgz，这里为每个病人更改了1100232个文件夹名，并且有3000个病人/文件夹。我想提取每个病人的lh_ribbon.mgz文件，并根据病人iD重命名这个文件。我对Linux很陌生，有人能帮忙吗？谢谢

Answer 1

由于您是新来的，我们将逐步构建此解决方案。

一个find来定位/imaging/中的所有文件

find /imaging/ -iname *.mgz

为找到的每个文件添加一个-exec \;以执行一个命令(我们将从echo开始)一次(文件名由{}表示)

find /imaging/ -iname *.mgz -exec echo {} \;

使用sh -c允许-exec中更复杂的脚本，而不仅仅是简单的命令，传递目标目录和文件名为$1和$2

find /imaging/ -iname *.mgz -exec sh -c 'echo $1 $2' sh {} "/path/to/store/patient/files/" \; 2>/dev/null

最后，将新文件名从第三个目录下的病人ID向上组合，并使用新的病人ID作为文件名，从旧位置复制到新的文件名。

find /imaging/ -iname *.mgz -exec sh -c 'p=${1#/*/*/}; p=${p%%/*}; echo cp $1 $2$p.mgz' sh {} "/path/to/store/patient/files/" \; 2>/dev/null

请注意。我将cp命令保留为echo，这样您就可以运行它，并在提交之前确保输出是正确的。如果一切正常，那么只需删除echo，然后运行它。