如何用不同的字符串替换一组文件中的字符串？

Question

我有一组vcf文件，每个文件都有一个字符串，以‘SRR’.例如，在file1中我有以下行：

#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  SRR2481146_1

在file2中，我有：

 #CHROM POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  SRR2481151_1

在档案3中，我有：

 #CHROM POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  SRR2481163_1

我希望将这些字符串替换为特定的细胞系名称，例如，将file1中的‘file1’替换为‘with 116_DMSO’，将file2中的'SRR2481151_1‘替换为'SW_DMSO'，将file3中的'SRR2481163_1’替换为‘COLO205’等等。

例如，对于file1，所需的输出应该是：

 #CHROM POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  HCT116_DMSO

对于file2：

 #CHROM POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  SW_DMSO

我知道我可以单独使用如下代码来完成这一任务：

sed -i 's/SRR2481146_1/HCT116_DMSO/g' file1
sed -i 's/SRR2481151_1/SW_DMSO/g' file2

但是由于我有100个文件，这样做太费时了。

有什么好办法吗？

谢谢!

Answer 1

正如@Kusalananda所写的，最好在https://bioinformatics.stackexchange.com/上问这个问题。也许有人能把这个问题搬到那里去？

创建一个文本文件，在该文本文件中，您可以在每一行中写入由空格分隔的旧名称和所需的新名称。

$ cat names.txt
SRR2481146_1 HCT116_DMSO
SRR2481151_1 SW_DMSO

使用bcftools重标头更改示例名称如下：

$ bcftools reheader -s names.txt file.vcf > file_renamed.vcf

可以使用gnu并行对文件夹中的所有vcf文件运行此命令：

$ parallel 'bcftools reheader -s names.txt {} > {.}_renamed.vcf' ::: *.vcf