METIS请求1000 TB内存来解决问题

Question

我正在尝试使用梅蒂斯 (配置为64位，带有Python接口)来执行一些加权图分区，但由于内存分配失败，我立即被击中：

   Current memory used:        3288 bytes
   Maximum memory used:        3288 bytes
***Memory allocation failed for SetupGraph: adjwgt. Requested size: 1125152056413312 bytes
Traceback (most recent call last):
  File "/home/nate/Desktop/Atom/DTW/testing.py", line 21, in <module>
    edgecuts, parts = metis.part_graph(G, 3)
  File "/home/nate/.local/lib/python3.10/site-packages/metis.py", line 800, in part_graph
    _METIS_PartGraphKway(*args)
  File "/home/nate/.local/lib/python3.10/site-packages/metis.py", line 676, in _METIS_PartGraphKway
    return _METIS_PartGraphKway.call(nvtxs, ncon, xadj, adjncy, vwgt, vsize,
  File "/home/nate/.local/lib/python3.10/site-packages/metis.py", line 501, in _result_errcheck
    if result == METIS_ERROR_MEMORY: raise METIS_MemoryError
metis.METIS_MemoryError

我的代码只是从内存中获取边缘(~53k边)，然后在NetworkX中构建图形，将其传输到METIS并尝试分区：

G.add_weighted_edges_from(pairs)
G = metis.networkx_to_metis(G)   
edgecuts, parts = metis.part_graph(G, 3)

错误发生在part_graph调用过程中。这是不寻常的行为，还是真的需要1000 TB才能得到这么大的图形？(我有64 GB的RAM)。

该图包含328个节点，其中每个节点连接到每个其他节点。这可能是奇怪的记忆需求的来源吗？

编辑:将问题限制在几个边缘，结果是：Segmentation fault (core dumped)，但没有其他信息来诊断问题。

Answer 1

当我传递参数nvtxs = n+1而不是n时，出现了这个错误，其中n是图中的顶点数。根据METIS，nvtxs的手动值必须等于n，而数组xadj的长度必须等于n+1。