rstudio-服务器错误: /bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc:未找到命令

Question

rstudio-server与"/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc:命令未找到“安装R包时失败

我几乎尝试了所有的方法来处理这个错误。我成功地安装了依赖的工具，比如(使用conda)：

conda install gcc_linux-64 
conda install gxx_linux-64
conda install gfortran_linux-64

或者我在$PATH中添加了conda路径：

which conda
#/usr/softwares/conda/location/bin/conda

$PATH
#-bash: /usr/softwares/sratoolkit/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64/bin:/usr/softwares/conda/location/envs/bioinf/bin:/usr/softwares/conda/location/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/home/huangwb8/.aspera/connect/bin:/usr/lib/rstudio-server/bin: No such file or directory

什么都帮不上忙。因为我可以在shell R或纯R环境中正常安装R包，而且只有当我使用rstudio-server时才会出现故障。我觉得我的rstudio服务器有问题，但我不知道如何处理。寻求帮助！！

Answer 1

在使用conda R在Rstudio服务器内安装包时，我也遇到了这种情况，而且当我通常在shell R或纯R环境中安装R包时，我注意到了编译命令。

x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -I"/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/lib/R/include" -DNDEBUG   -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -O2  -I/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/include -Wl,-rpath-link,/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/lib -Iutf8lite/src -fpic  -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -I/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/include -fdebug-prefix-map=/tmp/build/80754af9/r-base_1570124924484/work=/usr/local/src/conda/r-base-3.6.1 -fdebug-prefix-map=/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1=/usr/local/src/conda-prefix  -c utf8lite/src/escape.c -o utf8lite/src/escape.o

在我看来，编译过程只是使用conda env中的编译器。对于Rstudio-server中的安装，编译过程无法找到其指定的编译器(只有系统默认编译器存在)。所以我的建议是：

• 在conda env中的shell R中安装R包。(尝试和工作)
• 找到"x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc“的路径，并将其添加到默认路径中，如~/..bashrc或~/..bash_profile，这样您的安装就会找到编译器。(我还没试过，也许成功了)

Answer 2

如果其他更新版本安装在计算机上，则可以使用其他更新版本，如

x86_64-conda_cos7-linux-gnu-cc

在我的例子中，我在配置文件中更改了CC=x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc。