用Elki创建Dendrogram

Question

我想绘制一个聚类结果的树状图。现在，我正在使用Elki0.7.5中的ElkiBuilder进行集群。

在最好的情况下，我想直接绘制一个树状图。

如果不可能，我想从集群中提取信息(距离)，以便与另一个库创建树状图(例如。使用newick格式)

因此，我的问题是：

• 有可能用ELKI创建树状图吗？
• 是否可以访问群集期间计算的距离？(两个集群合并时使用的距离)

现在，我正在使用以下代码进行集群：

public Clustering<?> createClustering() {
    double[][] distanceMatrix = new double[][]{
            {0.0, 1.0, 3.0},
            {1.0, 0.0, 4.0},
            {3.0, 4.0, 0.0}
    };
    int noOfClusters = 2;
    // Adapter to load data from an existing array.
    DatabaseConnection dbc = new ArrayAdapterDatabaseConnection(distanceMatrix);
    // Create a database (which may contain multiple relations!)
    Database db = new StaticArrayDatabase(dbc, null);
    // Load the data into the database (do NOT forget to initialize...)
    db.initialize();

    Clustering<?> clustering = new ELKIBuilder<>(CutDendrogramByNumberOfClusters.class) //
            .with(CutDendrogramByNumberOfClusters.Parameterizer.MINCLUSTERS_ID, noOfClusters) //
            .with(AbstractAlgorithm.ALGORITHM_ID, AnderbergHierarchicalClustering.class) //
            .with(AGNES.Parameterizer.LINKAGE_ID, WardLinkage.class)
            .build().run(db);
    return clustering;
}

Answer 1

AGNES类(相反，我建议使用AnderbergHierarchicalClustering，它要快得多，但给出完全相同的结果)以一个名为“指针层次结构”(PointerHierarchyRepresentationResult)的标准形式返回集群。高度h处的i和j的合并表示为从i到j的指针，其中h是高度。之后，j表示合并的集群。这种基本形式是由Sibson等人介绍的。1973年的SLINK算法。

特别是，它包含y信息(getParentDistanceStore)，即合并(由getParentStore提供)，它可以计算出排列点的顺序，以便进行可视化getPositions。

您可能想看看DendrogramVisualization的代码，它负责在GUI中创建SVG树状图。