Docker，CentOS:如何在bash中用环境模块自动加载模块？

Question

我想自动加载一个CentOS码头容器中的模块。

通常，我会将命令放在.bashrc / .bash_profile中，但我似乎无法让它工作。

下面是我当前Dockerfile的开始：

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git

RUN echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bash_profile \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bash_profile \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60

WORKDIR /app

...

这是一个有效的命令：

docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "source /usr/share/Modules/init/bash; module load mpi/mpich-x86_64; mpiexec"

但我只想让docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "mpiexec"工作。

我尝试过在例如/root/.bashrc或/app/.bash_profile中添加许多回显命令的组合，但似乎无法使其工作。

Answer 1

在您描述的docker run命令中，bash是以非交互模式作为非登录shell启动的。在这种情况下，bash不计算它的初始化配置文件，比如~/.bash_profile或~/.bashrc。

为了适应此上下文中的bash初始化，可以使用BASH_ENV变量。在非交互模式下启动时，如果设置了该变量，bash将来源于该变量所指向的文件。

因此，我建议将您的码头形象的定义修改如下：

• 创建一个~/.bashenv文件，以保存mpi模块文件的环境模块初始化命令和加载。
• 然后声明BASH_ENV变量，指向图像定义中的/root/.bashenv，以便在创建的容器上运行命令时设置它。

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60 \
    && echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bashenv \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bashenv \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bash_profile \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bashrc

ENV BASH_ENV=/root/.bashenv

WORKDIR /app