如何使用perl从csv文件中提取行数据？

Question

我有一个csv文件

基因组名称，Resistance_phenotype，阿米卡星，庆大霉素，氨曲南AB1，敏感，抗性，抗性AB2，感病，易感AB3，抗性，抗性，NA

我需要填写第二列，即抗性表型MDR，XDR和易感。为此，我必须匹配抗生素耐药谱，如在第一行、庆大霉素和安曲南都是耐药的，第二列将填充MDR，而在第三列，如果所有3列都是敏感的，则第三列的第二列将充满易感物。

我已经编写了下面提到的代码，它只显示csv文件的列。我被困在该做进一步的事上了。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $file = 'text.csv';
my @data;
open(my $fh, '<', $file) or die "Can't read file '$file' [$!]\n";
while (my $line = <$fh>) {
    chomp $line;
    my @fields = split(/,/, $line);
    print $fields[0], "\n";
    #print $fields[1], "\n";
}
close $file;

基因组名称，Resistance_phenotype，阿米卡星，庆大霉素，氨曲南AB1，MDR，敏感，抗性，AB2，敏感，易感AB3，MDR，抗药性，抗性，NA

Answer 1

使用XS模块。读取一行，为该列分配正确的值，然后再次打印。在示例代码中，您只编写了一列而不是所有列；模块将为您处理所有这些：

use Text::CSV_XS;

my $csv = Text::CSV_XS->new;

# replace *DATA and *STDOUT with whatever filehandles you want
# to read then write.
while( my $row = $csv->getline(*DATA) ) {
    $row->[1] = 'Some value';
    $csv->say( *STDOUT, $row );
    }


__DATA__
Genome Name,Resistance_phenotype,Amikacin,Gentamycin,Aztreonam
AB1,,Susceptible,Resistant,Resistant
AB2,,Susceptible,Susceptible,Susceptible
AB3,,Resistant,Resistant,NA

产出如下：

"Genome Name","Some value",Amikacin,Gentamycin,Aztreonam
AB1,"Some value",Susceptible,Resistant,Resistant
AB2,"Some value",Susceptible,Susceptible,Susceptible
AB3,"Some value",Resistant,Resistant,NA