我如何在R中做一个特定的函数来模拟生物情况

Question

我需要为袋熊的运动编写一个函数，这个函数相对于它们的起始点和它们喜欢的洞穴范围(在起始的洞穴周围大约有3-8个洞)。

要做到这一点，我需要：

1. 从1到246之间洗牌(有246个洞)
2. 选择要在随机洞穴中启动的第一个人口比例。
3. 为一只袋熊指定一些优先的洞穴(3-8个洞)
4. 对于每只具有起始位置的袋鼠，给出其初始洞的每一侧的顺序钻孔ID。然而，这是一个产生的条件：

- If odd, no problem (e.g. 24 and 5 burrows -> 22, 23, 24, 25, 26)
- If even, do the same as odd and then add another number to the left or right (e.g. 24 and 4 burrows -> 22, 23, 24, 25)

​

1. 使钻孔范围选择为模块化算法，以便从246个洞穴的末尾开始，它们的首选洞穴可以继续挖出第一个洞，等等。

我应该如何合乎逻辑地处理这个问题呢？

因此，洞穴排列的方式是，它们被排列成一个圆形的图案(它们的栖息地的边缘)。我以为我可以做%函数来创建一个模块化函数，但是我不知道如何做数字4和5，以及如何将所有东西都变成一个函数。

到目前为止，我想出了第三步.

burrownum = (1:246) #set number of burrows

rand_burrownum = permute::shuffle(burrownum) #randomise the burrows

assignbur2wom = as.data.frame(rand_burrownum[1:24]) #assign wombats (per set proportion - 24 for 10%, 43 for 17.5%, 61 for 25%) to initial burrow 

wombatID = as.data.frame(1:24) #ID of each wombats - need to change the number of individuals

assignpref2wom = as.data.frame(sample(3:8, 24, replace = TRUE))#sample how many of burrows each wombat prefers - need to change number of individuals

wombatdat$WomID = wombatID

wombatdat$InitialBurrows = assignbur2wom

wombatdat$NumBPref = assignpref2wom

我想得到一个创建这些条件的函数。我知道这很复杂，如果还有什么我可以澄清的，请告诉我！

Answer 1

以下功能可能会有所帮助：

assign.burrows <- function(i,k,n = 246) {
  a <- floor(i - 1 - (k-1)/2)
  b <- floor(i - 1 + (k-1)/2)
  1 + (a:b) %% n
}

典型运行：

> assign.burrows(24,5)
[1] 22 23 24 25 26
> assign.burrows(24,4)
[1] 22 23 24 25
> assign.burrows(246,4)
[1] 244 245 246   1
> assign.burrows(246,5)
[1] 244 245 246   1   2
> assign.burrows(2,5)
[1] 246   1   2   3   4

注意，使用基于1的钻孔数字索引会使事情变得更加复杂，因为它不能很好地处理模块化算法。对于基于0的索引(以便洞穴编号从0到245)，您只需使用：

assign.burrows <- function(i,k,n = 246) {
  a <- floor(i - (k-1)/2)
  b <- floor(i + (k-1)/2)
  (a:b) %% n
} 

另一方面，基于1的索引在R数据结构中发挥得更好，因此总的来说，坚持R的基于1的索引可能更好。