在R中读取.h5文件

Question

我有一个'.h5‘文件，想用R提取它。

我搜索并发现来自BiocManager的BiocManager就是用于这个目的的。我试过了但我犯了个错误。无论我使用'h5ls‘方法还是'h5read’方法，我总是在下面得到相同的错误消息。

H5Fopen中的错误(文件，"H5F_ACC_RDONLY"，本机=本机)：HDF5。文件可访问性。无法打开文件。

file_url <- "data/MillionSongSubset/AdditionalFiles/subset_msd_summary_file.h5"
h5ls(file_url)
data <- h5read(file_url)

我想要提取我的“.h5”文件，无论是csv还是其他类型，以便在R中使用它们。

Answer 1

这是Windows的问题。我通常会尝试打开.tsv或由Kallisto处理的.h5 (在我的例子中，使用txtimport)。将文件夹文件从“我的文档”移到c:YOURFOLDER。这应该能解决你的问题。