R3.6.1；Ubuntu，试图更新生物导体的软件包，并得到一个错误：.安装路径不可写，无法更新包

Question

无法完全安装和更新Ubuntu中的“生物导体基础包”。

我正在尝试更新生物导体的核心包，但我得到了一个错误：

使用生物导体3.7 (BiocInstaller 1.30.0)，R 3.6.1 (2019-07-05).安装路径不可写，无法更新包: abind，acepack，askpass，断言，backport，base64enc，BH，bitops，broom，carData，caTools，cellranger，cli，clipr，色空间，蜡笔，

为了更新，我尝试了以下代码：

biocLite()

我也试过：

biocLite("BiocUpgrade")

任何选择都是不成功的。

在访问和审查了生物导体[http://bioconductor.org/install/]的文档之后，我希望能够毫无问题地进行更新，并希望得到如下消息：

使用生物导体版本所有更新的软件包..。

但我却得到了：

使用生物导体3.7 (BiocInstaller 1.30.0)，R 3.6.1 (2019-07-05).安装路径不可写，无法更新包: abind，acepack，askpass，断言，backport，base64enc，BH，bitops，broom，carData，caTools，cellranger，cli，clipr，色空间，蜡笔，

我做错了什么？

Answer 1

####################
# install miniconda
####################
# if in linux
# if 64 bit
cd ~/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# if 32 bit
cd ~/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
# follow the instructions - whereby install it locally in home.

安装成功后，bash现在可以识别所有conda命令。

############################
# create new environment for your R version
############################

conda create --name R361

############################
# enter the create environment by
############################

conda activate R361
# shell begins now always with (R361)...$ 
# to show you in which environment you are

############################
# Install your desired R version
############################

conda install -c bioconda R=3.6.1   

# -c bioconda means: look into bioconda repository for this package
# commonly used other repositories are: -c anaconda
#                                       -c conda-forge

如果你就这么做：

# conda install r-base # or: conda install -c conda-forge r-base
# or: conda install -c bioconda r-base  or: conda install -c r r-base
# very likely it installs newest R.
# with R=3.6.1 you can control exactly which version should be installed.

我个人第一次尝试-c bioconda的所有生物信息学相关的东西。因为一般情况下生物general对R包来说是最新的。(嗯，我也是生物信息学家;) --所以我有这方面的经验。

############################
# biocLite() is now old. Install BiocManager 
############################

# Start R
R

# install BiocManager
> install.packages("BiocManager")
> require(BiocManager) # or: libary(BiocManager)

# in BiocManager `install()` is like former `biocLite()` install command
> install("<your bioconductor package>")

一些生物导体封装需要安装额外的非R封装。在全球范围内工作时，这些都是sudo apt install r-cran-*候选人。但是，google用于"conda“，然后您会发现您必须使用哪个conda命令(哪个子-repo)(您必须将哪个-c ...命令添加到conda install中)。

对于生物curl来说，卷曲是必不可少的。但是，如果你安装你最大的生物导体(生化)软件包，那么他们的conda软件包将包含所有这些必需品--你不必关心它们--安装将在几分钟内完成。因此，尝试安装最大的复杂软件包。如果存在一个conda包，那么大多数安装都是在包处理所有依赖项时完成的。

# in current env show all installed packages      $ conda list
# from outside any special environment, do:       $ conda list --name R361
# show all environment                            $ conda info --envs
# remove your environment                         $ conda remove -n R361

# all these commands are preactically all you need.

Answer 2

几个月前我一直有这些问题。完全相同的错误。通过打开一个具有管理权限的终端，启动R，然后进行更新，我绕过了它。要做到这一点，只需键入

sudo -i R 

必要时更新。有些人讨厌这样做，特别是如果你不信任或不知道源，或者它是一台共享的计算机。我觉得这对我的个人机器是好的，所以我总是在更新生物导体和相关的软件包时这样做。为了正确安装GVIZ，我不得不这样做。

祝好运。