调用'mkfifo‘(Lustre )时，C++程序挂起

Question

我正在运行C++程序星号(https://github.com/alexdobin/STAR)，这在我的研究领域非常常见。

当我在服务器上运行这个软件时，一切都很好。

当我在另一台服务器(FS=lustre)上运行相同的软件时，程序就冻结了。

我的命令行是：

/path/to/star/STAR-2.7.1a/source/STAR --genomeDir /path/to/reference/ \
        --readFilesIn jeter1.fastq.gz jeter1.fastq.gz \
        --readFilesCommand gunzip -c  --outReadsUnmapped None --outSAMattributes All  |\
        head -n 1000

我使用strace查看发生了什么：

   (...)

   rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
   --- SIGCHLD {si_signo=SIGCHLD, si_code=CLD_EXITED, si_pid=54748, si_uid=24382, si_status=0, si_utime=0, si_stime=0} ---
   getxattr("./_STARtmp//readFilesIn.info", "security.shook_state", 0x7ffd5a10b6c0, 1024) = -1 ENODATA (No data available)
   open("./_STARtmp//readFilesIn.info", O_RDONLY) = 7
   read(7, "-rw-r-----. 1 lindenbp fg0073 10"..., 8191) = 66
   read(7, "", 8191)                       = 0
   close(7)                                = 0
   write(6, "exec > \"./_STARtmp/tmp.fifo.read"..., 82) = 82
   lseek(6, 0, SEEK_SET)                   = 0
   read(6, "exec > \"./_STARtmp/tmp.fifo.read"..., 8191) = 82
   read(6, "", 8191)                       = 0
   write(3, "-rw-r-----. 1 lindenbp fg0073 10"..., 172) = 172
   close(6)                                = 0
   chmod("./_STARtmp//readsCommand_read1", 0700) = 0
   vfork()                                 = 54750
   --- SIGCHLD {si_signo=SIGCHLD, si_code=CLD_EXITED, si_pid=54750, si_uid=24382, si_status=0, si_utime=0, si_stime=0} ---
   getxattr("./_STARtmp/tmp.fifo.read1", "security.shook_state", 0x7ffd5a10b6c0, 1024) = -1 ENODATA (No data available)
   open("./_STARtmp/tmp.fifo.read1", O_RDONLY ######### <= FREEZES HERE
   (...)

因此，我认为，当软件创建另一个进程以对压缩的输入文件进行时，在(?)：openReadsFiles.cpp#L38的某个地方冻结了。

我还尝试使用一个选项，将tmp目录指定为“/tmp”，但结果是相同的。

怎样才能解释这种行为，有什么办法解决它呢？

谢谢

Answer 1

我从作者https://github.com/alexdobin/STAR/issues/687那里得到了答案

该程序生成了一个shell脚本，该脚本缺少一个shebang delcaration:这阻止了fifo流的工作。