将VisNetwork (R)图导出给伤寒杆菌

Question

我目前正在开发一个R/闪亮应用程序，该应用程序使用VisNetwork框架生成网络图。我的同事将需要我将生成的地块导出到Gephi。我研究了所有可能的选择，但没有一个是理想的。什么是将VisNetwork图导出到地理信息库的最佳方法？

节点颜色，线宽，背景色.没关系--事实上，总体来说，审美并不重要。我们想要做的就是简单地将数据导出到地理信息库。一旦我们将这些数据加载到地理信息中，我们应该得到一个相似的情节，尽管有着不同的美学。

现在，有不同的选项可以将文件加载到Gephi中。当我们查看伤寒氏文献时，我们可以看到最优的格式是GEFX (具有边缘权重、层次结构和XML结构)或CSV (具有边缘列表/矩阵结构)。

但是，VisNetwork不允许导出到这些格式。

Gephi可以导出一个JSon文件，然后可以用VisNetwork打开该文件--但似乎不可能出现相反的情况。实际上，VisNetwork具有函数visNetwork(gephi = 'network.json')，但它似乎不允许导出json文件，只允许导入。

VisNetwork也提供了visExport()函数，但它只允许用户导出图像(png/jpg/pdf)。

下面是一个非常简单的VisNetwork图，作为一个最小可复制的示例：

nodes <- data.frame(id = 1:10, label = paste("Label", 1:10), 
   group = sample(c("A", "B"), 10, replace = TRUE))

edges <- data.frame(from = c(2,5,10), to = c(1,2,10))
network <- visNetwork(nodes, edges, height = "400px", width = "100%") 

visNetwork(gephi = 'network.json') #does not work

最后，我可能需要编写一个将图形数据写入文本文件的函数。在你看来，最好的办法是什么？我应该优先考虑一个特定的格式吗？

谢谢。

Answer 1

我知道现在有点晚了，但无论如何我都会尽力帮忙的。Gephi很好地从CSV文件中读取交互。所以：

R

您的示例几乎没有问题，只是在列名为的边缘进行了一点小小的更改。

nodes <- data.frame(id = 1:10, label = paste("Label", 1:10), 
   group = sample(c("A", "B"), 10, replace = TRUE))

edges <- data.frame(from = c(2,5,10), to = c(1,2,10))
colnames(edges)<-c('source', 'target')

那么您应该以CSV的形式导出：

write.csv(edges,'edges.csv')
write.csv(nodes,'nodes.csv')

伤寒

然后，我们去格菲，然后：

文件->导入电子表格

请注意：

1. 您必须一次导入一个文件的边缘和节点。
2. 您必须将两个csv文件导入到同一个“工作区”，或者有两个不同的图(空边和空节点)。

Answer 2

苏，几天后，我没有回答，并挖掘了更多。事实上，没有办法直接将数据从VisNetwork地块导出到地理信息库。我发现最有效的方法是硬写到GEXF文件中。这有点乏味，但是您的数据将被加载到Gephi中，而不需要任何担心。