如何向Gviz IdeogramTrack对象添加着着丝粒信息？

Question

我正在使用R Gviz软件包来绘制我的深度测序数据。我在研究酿酒酵母基因组。当我把染色体表意图添加到我的图中时，着丝点就不会被绘制出来。

library(Gviz)
sacCerIdeoTrack <- IdeogramTrack(genome = "sacCer3", chromosome = "chrI")
plotTracks(sacCerIdeoTrack, from = 180e3, to = 220e3)

产生了这个地块。

相反，当我使用人类基因组做同样的操作时，就会显示着着丝粒的位置。

library(Gviz)
humanIdeoTrack <- IdeogramTrack(genome = "hg19", chromosome = "chrX")
plotTracks(humanIdeoTrack, from=85e6, to=129e6)

产生了这个地块。

我假设酿酒酵母的着丝粒信息是无法从UCSC的在线来源，从那里的IdeogramTrack构造函数检索数据。有没有一种方法可以手动地将质心位置信息添加到我的sacCerIdeoTrack对象中？

Answer 1

我找到了解决办法。我查看了hg19 (http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/database/cytoBand.txt.gz)的细胞带文件，并创建了一个结构相同的data.frame，其中包含了酿酒酵母I染色体的信息。

cyto.bands <- data.frame(chrom = rep("chrI", 4),
                         chromStart = c(0, 148071, 151524, 154977),
                         chromEnd = c(148071, 151524, 154977, 230218),
                         name = c(NA, "CEN1", "CEN1", NA),
                         gieStain = c("gneg", "acen", "acen", "gneg"))

为了正确地打印着着丝粒，需要提供两行gieStain = "acen"和足够的起始坐标和结束坐标之间的距离。

然后可以创建并绘制Gviz IdeogramTrack对象。

library(Gviz)

ideogram.track <- IdeogramTrack(chromosome = "chrI", genome = "sacCer3", bands = cyto.bands)

plotTracks(ideogram.track, from = 180e3, to = 220e3)

产生这个结果。