如何修复python %的占位符安排

Question

我需要迭代输入文件对，R1和R2，它们将一起处理，每个文件都附加了一个".trim“文件扩展名。

我对python和glob的了解有限，它们可以很好地完成类似的任务，使用成对的输入，但只使用一个输出。我完全不明白为什么这不起作用，尽管我确信这是一个很容易解决的问题。

#!/usr/bin/python
import glob
import os
files = glob.glob("ATAC*R1*.fastq.gz")
for ifile in files:
        os.system("cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o %s.trim -p %s.trim %s %s" % (ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2"))

Error: 
 line 7

                                                                                                                                                                                            ^
SyntaxError: invalid syntax

这方面的工作如下：

ATAC2-1_R1_.fastq.gz and ATAC2-1_R1_.fastq.gz -> ATAC2-1_R1_.fastq.gz.trim and ATAC2-1_R1_.fastq.gz.trim. 

有几个R1和R2对，我想迭代through.Thanks以获得帮助！

Answer 1

唯一的问题是，您缺少了一个结尾括号：

    os.system("cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o %s.trim -p %s.trim %s %s" % (ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2")))

您只需添加结尾括号，您就应该停止这种语法错误。

Answer 2

与其尝试使用%s占位符执行此操作，不如尝试使用.format()，如下所示：

"cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o {0}.trim -p {1}.trim {2} {3}".format(ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2"))