如何使用KernSmooth导入R包Rpy2？

Question

我使用Python3.7和rpy2 2.9.4，并安装了包r-内核光滑(https://www.rdocumentation.org/packages/KernSmooth/versions/2.23-15)，它可以在anaconda发行版(https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/)中使用终端中的conda kernsmooth获得。

当我试图导入Python中的包“r-kern体”时，我会得到以下错误：

import rpy2.robjects.packages as rpackages
kernsmooth = rpackages.importr('r-kernsmooth')
---------------------------------------------------------------------------
RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-29-3b8fa4366a16> in <module>
      1 import rpy2.robjects.packages as rpackages
----> 2 utils = rpackages.importr('r-kernsmooth')

/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/packages.py in importr(name, lib_loc, robject_translations, signature_translation, suppress_messages, on_conflict, symbol_r2python, symbol_check_after, data)
    451     if _package_has_namespace(rname, 
    452                               _system_file(package = rname)):
--> 453         env = _get_namespace(rname)
    454         version = _get_namespace_version(rname)[0]
    455         exported_names = set(_get_namespace_exports(rname))

RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘r-kernsmooth’

实际上，在检查路径/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/packages.py时，没有一个名为“r-核光滑”的包。

但是，使用完全相同的过程导入包“utils”没有问题。

我应该指出，我以前在RStudio中安装了‘RStudio’，在那里使用它没有问题。

我的密码有问题吗？或者巨蟒的环境可能会受到破坏？

Answer 1

我找到了罪魁祸首:似乎有一些conda包导致了的不一致，因此“KernSmooth”一开始并没有通过anaconda正确地安装。

(base) Sebastians-MacBook-Pro:~ sebastiangsell$ conda update r-kernsmooth
Collecting package metadata: done
Solving environment: - 
The environment is inconsistent, please check the package plan carefully
The following packages are causing the inconsistency:

  - defaults/osx-64::jupyterlab_launcher==0.13.1=py37_0
  - defaults/osx-64::nbconvert==5.4.0=py37_1
  - defaults/osx-64::jupyterlab==0.35.3=py37_0
  - defaults/osx-64::jupyter==1.0.0=py37_7
  - defaults/osx-64::ipywidgets==7.4.2=py37_0
  - defaults/osx-64::notebook==5.7.4=py37_0
  - defaults/osx-64::spyder==3.3.2=py37_0
  - defaults/osx-64::jupyterlab_server==0.2.0=py37_0
  - defaults/osx-64::widgetsnbextension==3.4.2=py37_0
  - defaults/osx-64::_ipyw_jlab_nb_ext_conf==0.1.0=py37_0
  - defaults/osx-64::xlwings==0.15.1=py37_0

我遵循了关于GitHub (https://github.com/conda/conda/issues/8490)的讨论，该讨论指出了最近版本的anaconda (截至Conda4.6.9)的一个问题：https://github.com/conda/conda/pull/8444

通过重新安装列为不一致的的包来恢复anaconda环境的一致性解决了我的问题：

conda install package_name

我希望这能帮到你。