使用RDF，请求关于如何将一个成员建模为一个集合的ORed (所有)成员和一个建模到一个集合的ANDed (all)成员的建议。

Question

我正在寻找一种使用RDF建模的方法--一种用于集合关系的ORed (all)成员，以及一种用于集合的ANDed (all)成员。

手头的任务是如何表示(使用RDF语句)一个治疗方案，如下所示。

"Regimen_A“方案由药物(DB14502或DB09449)和DB11094组成

使用RDF/XML，我现在不得不提出由名单A中的一种(替代)药物和名单B中所有(非可选的)药物组成的药物组合(方案)。

a)药物方案有可能有零、一个或多个备选清单以及零、一个或多个非可选药物清单。

b)我还想把每种药物作为URIref的一种资源。( c)这些清单中的药物( ORed列表和ANDed列表)可以来自不同的数据库，如drugbank、ChEBI或WHOCC。例如，药物银行的URIref DB14502应该是"https://www.drugbank.ca/drugs/DB14502“。ChEBI药物的URI将是"17012“，除了URIref之外，还需要以某种方式明确地提供药物源数据库的指示。

我一直在阅读RDF入门https://www.w3.org/TR/rdf-primer/，目的是将下面的解决方案编码为RDF/XML，并将其扩展到满足上述需求，但在这方面没有取得多大进展。

下面是RDF数据(由Jeen Broekstra提供，作为对我最初问题的回答)，我想转换为RDF/XML

:regimenA :consistsOf [ a :DrugAlternative; 
                        :option :DB14502;
                        :option :DB09449 ],
                      :DB11094. 

Answer 1

您可以通过为OR引入自己的词汇表概念来表达它。

:regimenA :consistsOf [ a :Or; 
                        :option :DB14502;
                        :option :DB09449 ],
                      :DB11094. 

对于AND，您不需要任何特殊的词汇表。在您的情况下，可能更好的方法是在您介绍的词汇表中捕获域语义，而不是一般的“逻辑或”：

:regimenA :consistsOf [ a :DrugAlternative; 
                        :option :DB14502;
                        :option :DB09449 ],
                      :DB11094. 

您也可以使用标准的RDF词汇表来处理这类事情，使用rdf:Alt容器。它在语义上与逻辑OR不完全相同，但在大多数意图和目的上，它是接近的：

:regimenA :consistsOf [ a rdf:Alt; 
                        rdfs:member :DB14502;
                        rdfs:member :DB09449 ],
                      :DB11094. 

RDF还有用于表示列表( RDF收藏词汇表)的标准词汇表。您可以如下所示：

:regimenA :consistsOf (:DB14502 :DB09449), :DB11094;

这里潜在的缺点是，这种建模方式使得列表中的项目是隐含的替代品这一事实。

当然，如果您想要将包含应用于其中任何一个，那么您必须超越RDF，使用规则语言(如SPIN/SHACL )，或者使用更有表现力的本体语言(如OWL )。但是，如果您的目标是有一种方法来表达这一点，以便以后可以通过SPARQL查询它，那么上述解决方案就可以了。

Answer 2

发布的Turtle格式的RDF解决方案(由Jeen Broekstra提供，以回答我最初的问题)加上前缀将是

@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix : <http://someplace.org/stuff/1.0/> .
:regimenA :consistsOf [ a :DrugAlternative; 
                        :option :DB14502;
                        :option :DB09449 ],
                      :DB11094. 

将此海龟格式化的RDF数据传递给RDF/Turtle到RDF/XML转换器，如"http://www.easyrdf.org/converter“生成。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
         xmlns:ns0="http://someplace.org/stuff/1.0/">

  <rdf:Description rdf:about="http://someplace.org/stuff/1.0/regimenA">
    <ns0:consistsOf>
      <ns0:DrugAlternative>
        <ns0:option rdf:resource="http://someplace.org/stuff/1.0/DB14502"/>
        <ns0:option rdf:resource="http://someplace.org/stuff/1.0/DB09449"/>
      </ns0:DrugAlternative>
    </ns0:consistsOf>

    <ns0:consistsOf rdf:resource="http://someplace.org/stuff/1.0/DB11094"/>
  </rdf:Description>

</rdf:RDF>