sqldf语法错误的原因

Question

我尝试用R语言(3.6)的批处理方式从数据帧中选择特定数据，但失败了。

当我用

sqldf("select * from Interact where miRNA = 'hsa-miR-510-5p' and
       Seqname ='chr3:195780289-195787118-' ")

结果没问题。

当我试着

sqldf("select * from Interact where miRNA = Interpairs[1,1] and 
       Seqname =Interpairs[1,2]"), 

或

sqldf('select * from Interact where miRNA = Interpairs$microRNA[1] and 
      Seqname = Interpairs$circRNA[1]')

结果证明是错的。

Result_create中的错误(conn@ptr，语句)：接近"1"：语法错误

我想知道有没有人能帮我解决这个问题？

Answer 1

传递给sqldf的字符串必须是SQL。您可以做的是插入相关内容，如图所示，将sqldf前缀为fn$，然后R将执行反引号中的代码，并在将字符串传递给sqldf之前将其输出替换到sqldf字符串中。

library(sqldf)
DF <- data.frame(a = 'x', b = 'y', stringsAsFactors = FALSE) # test data

fn$sqldf("select * from DF where a = '`DF$a[1]`' and b = '`DF$b[1]`' ")
##   a b
## 1 x y

fn$sqldf("select * from DF where a = '`DF[1,1]`' and b = '`DF[1,2]`' ")
##   a b
## 1 x y

此外，如果变量名不包含某些特殊字符，$variable将替换变量的内容：

a <- DF$a[1]
b <- DF$b[1]
fn$sqldf("select * from DF where a = '$a' and b = '$b' ")
##   a b
## 1 x y

如果希望看到实际传递给sqldf的字符串，那么将verbose = TRUE参数添加到上述任何sqldf调用中。

​

更多信息

在sqldf主页上有几个例子：https://github.com/ggrothendieck/sqldf

关于fn$的信息也可以通过?fn找到。请注意，这是一个通用工具，可用于任何函数，而不仅仅是sqldf。例如,

w <- "world"
fn$cat("Hello, $w\n")
## Hello, world