如何在R中找到一个包是如何装载的？

Question

我刚刚更新了所有的软件包并重新启动了我的系统。然后我加载了RStudio，然后按照正常方式运行我的脚本。

我发现了一个错误：Error in wday(temp_date) : could not find function "wday"

搜索后，我发现wday函数是润滑包的一部分，我已经安装了lubricate包，但没有加载。

因此，看起来至少我以前更新的包中至少有一个依赖于润滑包，但现在不是了，因此即使我的脚本像以前一样加载了所有相同的包，润滑包也被错过了。

因此，为了防止这是未来，我想知道如何从我的脚本找到什么加载润滑包，如果可能的话，知道什么改变了。我还想知道我所有的包依赖关系，所以我总是知道这个包加载了这个包和其他包，所以我不再感到惊讶了。

更新：--我发现了更多的错误，并且缓慢地计算出许多包和依赖项实际上没有被更新，必须手动安装。我发现我正在使用的wday是来自data.table的IDateTime。但是再一次，我不会直接加载这些包，所以我如何才能找到实际加载它们的内容。谢谢。

更新2:这里是我的库调用的完整列表：

library(qmao);library(chron);library(tseries);library(iterators);library(erer);
library(corpcor); library(zoo); library(xts); library(quantmod);
library(TTR); library(graphics); library(ggplot2); library(gsee);
library(tseries); library(quantstrat); library(plyr); library(caTools);
library(zoo); library(chron); library(gtools); library(microbenchmark);
library(benchmark); library(rbenchmark); library(utils); library(Rcpp);
library(RcppXts); library(RcppArmadillo); library(gtools); library(rcppbugs);
library(RcppClassic); library(RcppStreams); library(inline); library(RcppEigen);
library(RcppParallel); library(RcppProgress); library(doParallel); library(parallel);
library(foreach); library(doMC); library(doSNOW); library(fGarch); library(FitAR);
library(fUnitRoots); library(dplyr);

他们没有包括润滑或data.table，所以仍然不知道。我想我可以1比1加载每个库，直到函数工作为止，但我真的没有时间或耐心。再次感谢。

Answer 1

我不是一个R-内线或R-核心的家伙，所以这其中的一些是我的推测和理解。

如果一个包从另一个包导入函数，则不应该将这些函数插入到搜索路径中。例如，dplyr是一个相当复杂的包，它从其他几个包中导入并可选择地再导出其中的一些包。例如，从它的NAMESPACE

importFrom(R6,R6Class)

但是如果您使用library(dplyr)，然后输入R6Class，它会报告Error: object 'R6Class' not found。但是，它对dplyr函数是可见的：

> R6Class
Error: object 'R6Class' not found
> debug(dplyr::mutate)
> mutate(mtcars, cyl = 5)
debugging in: mutate(mtcars, cyl = 5)
debug: {
    UseMethod("mutate")
}
Browse[2]> R6Class
function (classname = NULL, public = list(), private = NULL, 
    active = NULL, inherit = NULL, lock_objects = TRUE, class = TRUE, 
    portable = TRUE, lock_class = FALSE, cloneable = TRUE, parent_env = parent.frame(), 
    lock) 
{
...

这是因为dplyr::mutate中的搜索路径是从dplyr的角度出发的，而不是用户的角度。

与此相结合，我对那些包是否会调用library(data.table)表示怀疑(虽然不是肯定的)，将包导入您的搜索路径。

更有可能的是，您刚才列出的一个包导入了一个包(我猜是第二代依赖项导入)，它本身引用wday是不恰当的，而且当正确加载了更高的包时，它就开始工作了，从而将该函数引入其有效的搜索路径。

我建议两种方法来找出问题所在：

1. 当您看到一个错误时，运行traceback()并查看函数调用的堆栈；这需要一些查询，但是要找到调用wday的位置，在包中找到该函数(导出函数和内部函数！)，然后从那里开始。
2. 如果所有的包都在公布它们导入的包(通过Depends:、Imports:，甚至可能是误用的Suggests:)，那么您就可以找到嵌套依赖的位置。 pkgs <- trimws(unlist(strsplit(gsub("library\((^)*)\)"，“1”，"library(qmao);library(chron);library(tseries);library(iterators);library(erer)；图书馆(Corpcor)；图书馆(动物园)；图书馆(Xts)；图书馆(Quantmod)；图书馆(TTR)；图书馆(图形)；图书馆(Ggplot2)；图书馆(Ggplot2)；图书馆(Tseries)；图书馆(Quantstrat)；图书馆(Plyr)；图书馆(CaTools)；图书馆(动物园)；图书馆(Chron)；图书馆(Gtools)；图书馆(RcppXts)；图书馆(RcppClassic)；图书馆(RcppStreams)；图书馆(内联)；图书馆(RcppEigen)；图书馆(RcppParallel)；图书馆(RcppProgress)；图书馆(DoParallel)；图书馆(并行)；图书馆(DoMC)；图书馆(DoSNOW)；图书馆(FGarch)；图书馆(FitAR)；图书馆(FUnitRoots)；图书馆(Dplyr)；“)；)#这样我就可以在本地搜索inst_pkgs <- installed.packages() pkgs <- installed.packages()pkgs <-交(pkgs，inst_pkgs,1) #不精确但“足够好”，但现在可以<-Filter(函数(A) any(grepl("data.table|lubridate"，a))，sapply(pkgs，function(p) unlist(packageDescription(P)c(“依赖”，"Imports"，“建议”))名称(可能)#1 "dplyr“) 通过查看该软件包的详细信息，您可以找到更多信息： possibles[1] #建议# "bit64 (>= 0.9.7)，callr (>= 3.1.1)、covr (>= 3.0.1)、DBI (>=\n0.7.14)、dbplyr (>= 1.2.0)、dtplyr (>= 0.0.2)、ggplot2 (>=\n2.2.1)、hms (>= 0.4.1)、>=1.19、Lahman (>= 3.0-1)、\nlubridate (>= 1.7.4)、质量、mgcv (>= 1.8.23)、微基准(>= 1.4.4)、nycflights13 (>= 0.2.2)、rmarkdown (>= 1.8)、RMySQL\n(>= 0.10.13)、RPostgreSQL (>= 0.6.2)、RSQLite (>= 2.0)、\n readr (>= 2.0.0)、withr (>= 2.1.1)、broom (>= 0.5.1)、purrr\n(>= 0.3.0)、readr (>= 1.3.1)、>=1.3.4“