使用system _a lot_从R调用Perl

Question

我有一些神秘的perl代码，用来计算两个字符串之间的距离。我有创建和对齐字符串等的R代码。我需要从R调用数万次Perl代码。我用system()。

每次我从R调用system('perl ...')时，R都会打开一个新的外壳。我不知道如何使R简单地将所有命令发送到同一个shell，或者在打开它并运行system调用之后立即关闭shell。最后，我收到了一条too many open files消息，一切都崩溃了。

这是一个简单的例子，其中有一个理论Hello脚本：

for (i in seq_along(1:10000)){
  system('perl hello.pl')
}

• showConnections(all=T)在运行system(perl...)一次后不会显示额外打开的连接。
• system2根本不起作用(虽然我不确定它会有帮助)。

我在macos v10.13.2，R v3.5.2，Rstudio v1.1.456上。

如何使R不耗尽空间并运行对Perl的所有调用？(这甚至可能不是要问的确切问题。)

Answer 1

按照Dirk Eddelbuettel的建议，我将所有可能的参数对写入一个bazillion文件中，并使用bash脚本遍历txt文件并在每一行上运行perl脚本。由于参数是字符串，这是这里可能的解决方案。最后它确实起作用了。