暂时忽略R中的某些库

Question

我目前正在为我们公司开发的R软件包进行持续的集成设置。每个R包有一个Jenkins项目，每个项目有相应的库。

我已经定义了一个逻辑，它将包的所有依赖项安装到项目库中。现在我想定义一个基本运行的检查阶段

devtools::check("${PROJECT_DIR}/pkg")

但只对依赖项使用项目库。我尝试以以下方式使用callr包。

callr::r(
  function(...) {
    devtools::check(...)
  ),
  args = list("${PROJECT_DIR}/pkg"),
  libpath = "${PROJECT_DIR}/lib"
)

但是，检查过程仍然能够找到没有安装在libpath中的包。是否有方法确保在构建阶段只使用"${PROJECT_DIR}/lib"？

到目前为止，我已经尝试了以下几种方法，但都没有用

• 带有callr()参数的libpath
• 带有withr::with_libpaths参数的new
• 查看devtools::check和R CMD BUILD中的文档以获得适当的参数
• 使用.libPaths("${JOB_DIR}/lib")

这里有一个重复来解释callr的意外行为。我希望在第3行中出现错误。

find.package("ggplot2", .libPaths()[1])
#> Error in find.package("ggplot2", .libPaths()[1]): there is no package called 'ggplot2'
callr::r(function() {  ggplot2::vars() }, libpath = .libPaths()[1])
#> named list()
find.package("ggplot2", .libPaths()[2])
#> [1] "/data/R/3.5.3/lib/R/library/ggplot2"
callr::r(function() {  ggplot2::vars() }, libpath = .libPaths()[2])
#> named list()

Answer 1

按照这个问题编码，有一种方法可以用base::assign将其归档。如果有更合适的解决办法，我很想听听。

callr::r(function() {
  assign(".lib.loc", .libPaths()[1], envir = environment(.libPaths))
  ggplot2::vars() 
})
#> Error in loadNamespace(name): there is no package called ‘ggplot2’

我在这里的问题有两个

1. 这基本上是一次黑客攻击，如果.libPaths()的内部结构发生变化，随时都可以破坏。
2. 我可能还必须修改.Library和.Library.site (.libPaths()的内部结构)，以确保devtools::check受到适当的影响。

Answer 2

这可能有点偏离主题，但是您考虑过在这个用例中使用docker吗？

您可以定义在Dockerfile中引用的Jenkinsfile，它将为运行的每个CI作业定义一个自定义映像。使用Jenkins中的devtools::install()，将包安装到坞容器上。当CI完成时，这个容器就会被抛出。

使用这种方法，您不必担心在运行CI时手动安装包，也不必担心不同包之间的名称空间冲突。

这肯定有一个较高的启动成本，但我认为你会发现，这将是值得的长期测试你的R包。资料来源:我也在我的工作中测试内部R包。

样本Dockerfile

FROM docker.io/rocker/r-base

USER root

# Install packages needed for package development
RUN R -e 'install.packages(c("devtools", "rmarkdown", "testthat", "roxygen2"))'

然后在Dockerfile中引用此Jenkinsfile，以便安装、测试和检查包(下面的管道示例)

    agent {
        dockerfile {
            args '-u root'
        }
    }
    stages {
        stage('Install') {
            steps {
                sh 'r -e "devtools::install()"'
            }
        }
        stage('Test') {
            steps {
                sh '''
                  r -e "options(testthat.output_file = 'test-out.xml'); devtools::test(reporter = 'junit')"
                '''
                junit 'test-out.xml'
            }
        }
        stage('Check') {
           // Might need to modify expected ouput, depends on devtools version
            steps {
                sh '''
                  testOutput=$(R -e "devtools::check(args='--no-tests')" 2>&1)
                  echo "${testOutput}" | grep -q "0 errors ✔ | 0 warnings ✔ | 0 notes ✔"
                '''
            }
        }
    }
}