哪个作业运行在哪个节点上？

Question

这里有一个快速的问题，经常出现并挑战我的AWK技能。如何列出集群上的所有作业以及分配给它们的节点列表。

类似于：

 JobId          Job Name    State      Hosts
               . . .
 29428   _2.0_cont_7.job        R      fm3/6
 29429   _2.2_cont_7.job        R      fm3/6
 29430   _2.4_cont_8.job        R      fm1/6
 29431   _2.6_cont_8.job        R      fm1/6
 29835           taverna        R   mathserv/40
               . . .

sinfo或qstat是否有一个参数可以提供类似的输出而无需进一步处理？或者什么是一个好的perl或awk单线来做这项工作？

以下是我目前运行的

qstat -f | awk \
   '/Job Id/ {job=$3 ; 
        if (s > 0) {printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n",job,name,state,host); } s+=1} 
   /exec_host/ {host=$3} 
   /Job_Name/ {name=$3} 
   /job_state/ {state = $3} 
   END {printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n",job,name,state,host)}
   BEGIN {printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n","JobId","Job Name","State","Hosts")}'

更新

下面是qstat -f输出的一个片段：

Job Id: 29835
    Job_Name = taverna
    Job_Owner = meos@taverna
    interactive = True
    job_state = R
    queue = all
    qtime = Wed Apr 10 12:02:10 2019
    mtime = Wed Apr 10 12:02:10 2019
    ctime = Wed Apr 10 18:02:10 2019
    exec_host = mathserv/40
    Priority = 4294873206
    euser = meos(1006)
    egroup = meos(1000)
    Resource_List.walltime = 06:00:00
    Resource_List.nodect = 1
    Resource_List.ncpus = 40

在集群上运行的每个作业都会打印这样的块。

在这里，exec_host参数标识该节点和该节点上的槽数，或者最小的节点数，并分别分配给作业的时隙数。其余的参数是不言自明的。

仅此块的预期输出将是

 JobId          Job Name    State      Hosts
 29835           taverna        R   mathserv/40

更新2

对于任何感兴趣的人，更新原来的AWK程序，以修复一些错误和改进格式。它恰巧在扭矩和PBS管理的集群上运行良好。

qstat -f | awk '/Job Id/ {job=$3 ; 
        if (s > 0) {printf(format,lastjob,user,name,state,host)} ;
        lastjob=job ; s+=1} 
   /exec_host/ {host=$3} 
   /Job_Name/ {name=$3} 
   /job_state/ {state = $3} 
   /Job_Owner/ {user=$3; sub("@.*","",user)}
   END {printf(format,lastjob,user,name,state,host)}
   BEGIN {format="%10s\t%10s\t%25s\t%5s\t%8s\n";
          printf(format,"JobId","Owner","Job Name","State","Hosts")}'

Answer 1

您可以直接为其中的大多数设置squeue输出格式。AFAICT，它不分别为每个节点提供CPU使用情况，不过：

squeue -t R --format="%.20i %.20j %.5t %.5C %R"

示例输出：

               JOBID                 NAME    ST  CPUS NODELIST(REASON)
            18206767 job_TR1_11_run007188     R     1 node05
            18206768 job_TR2_11_run007188     R     1 node13
            18207078 job_T1_11_run007188_     R     1 node24
            18207079 job_T2_11_run007188_     R     1 node14
            18207080 job_T3_11_run007188_     R     1 node17

有关详细信息，请参阅man squeue或https://slurm.schedmd.com/squeue.html。

Answer 2

如果在qstat手册页面上没有您喜欢的内容，那么解析输出，就像您所做的一样。

这里是使用Perl的

qstat -f | perl -wne'
    /Job Id:\s+(.*)/                              && push(@r, [$1])   or 
    /(?:Job_Name|job_state|exec_host)\s+=\s+(.*)/ && push(@{$r[-1]}, $1) 
    }{ 
    printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n", ("JobId", "Job Name", "State", "Hosts")
    printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n", @$_) for @r'

我复制你的输出格式。}{语法标志着END块的开始。

Job Id行在结果@r数组中启动一个新的数组，ID是它的第一个元素。其他想要的字段按外观顺序添加到@r中的最后(所以当前)数组中。

Answer 3

由于您的输入和输出顺序相同，因此可以在没有结束块的情况下完成该操作。宽度为0会触发换行符。

qstat -f | perl -nle'
   BEGIN { 
       @fields=("Job Id",qw( Job_Name job_state exec_host )); 
       @width{@fields}=(6,20,9,0); 
       $"="|"; $re=qr/^\s*(@fields)\s*[:=]\s*(.*\S)/; 
       printf "%$width{$_}s\t",$_ for @fields; print "";
   } 
   printf "%$width{$1}s\t%s", $2, $width{$1}?"":"\n" if /$re/
'