rstan()不应该在#‘@示例中运行吗？

Question

在包开发中，每个示例都需要<5s。然而，这对stan_model()和rstan::sampling()所花费的时间比5s长得多，如下所示：

    Examples with CPU or elapsed time > 5s
                     user system elapsed
   fit               1.25   0.11   32.47

因此，我在roxygen注释中为每个\donttest{}添加了#'@examples。

在示例#'@examples中，我们不应该运行sampling()，或者有任何治疗方法？

当我从你那里学到的时候，我试着基于代码rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA')创建我的包(谢谢！)但是，我对此不太了解。

以前，rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA')启动了我的计算机中的错误(但现在没有发生错误)。所以，我做了我的包裹没有rstan_package_skeleton()，比如说BayesianAAA，在我最初的制作中，我把Model_A.stan，Model_B.stan，Model_C.stan，……在inst/extdata和我参考我的斯坦文件如下；

  scr <- system.file("extdata", "Model_A.stan", package="BayesianAAA")

  scr <- rstan::stan_model(scr) 

关于代码rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA')，我有很多疑问。

1) 的第一个问题是如何包含现有的stan文件和如何为rstan::stan_model()引用 my .stan文件？根据下面的一页，它说

如果我们将现有的.stan文件包含在包中，我们可以使用可选的stan_files参数来rstan_package_skeleton来包含它们。

所以，我想我应该执行，我不确定，但需要以下类似的方式；

`rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA', stan_files = "Model_A.stan" )`.

但我不知道如何为几个stan文件编写代码，比如Model_A.stan、Model_B.stan、Model_C.stan在我现有的没有rstan_package_skeleton()的包中。我不明白，但是下面的代码是正确的吗？由于我没有将变量stan_files中描述的文件反映在rstan_package_skeleton()创建的新项目中。

`rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA', stan_files = c("Model_A.stan",`Model_B.stan`,`Model_C.stan` )`.

在这里，出现了另一个问题，就是，

2)第二个问题:执行代码rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA', stan_files = "Model_A.stan" )的？我在我现有的包项目中的R工作室控制台中执行它。是对的吗？然后，新的项目出现了，它包含了旧的现有项目。我该怎么办？

https://cran.r-project.org/web/packages/rstantools/vignettes/minimal-rstan-package.html

3)我对软件包"rstanarm“不太了解，但是我试图为我的包模仿它，但是我不能罚款任何.stan文件，我错了吗？

我很抱歉我的英语很差，而且对这些东西缺乏学习。如果你能告诉我，我将不胜感激。

Answer 1

通常不应该编写在运行时调用stan_model的包，除非像brms或tmbstan一样，您在运行时生成Stan程序，而不是静态地编写它。CRAN上有数十个软件包提供编译后的Stan程序，基本上遵循为rstanarm开发的构建过程，rstantools::rstan_package.skeleton函数、分步指南和开发人员指南直接解决了您的问题。

CRAN策略允许较长的安装时间，但对示例和单元测试所用的时间施加限制，这些限制比编译一个简单的Stan程序所需的时间短得多。因此，只有在有预编译的Stan程序的情况下，才有可能对包进行充分的测试。

即使这样，也很难在5秒内从后验分布(充分)中抽取样本，因此您通常需要使用小数据集、一个链、少量的迭代等等。

最好将Stan程序的名称(应该以.stan扩展结尾，而不是使用句点)传递给rstantools::rstan_package_skeleton()。如果这样做是从RStudio，我会调用它而不是在一个现有的项目。然后

在安装过程中，所有Stan程序将被编译并保存在列表stanmodels中，然后R函数可以在包中使用它。规则是从src/stan_files/foo.stan中的模型代码编译的Stan程序存储为list元素stanmodels$foo。

有几十个R包在他们的src/stan_files目录中有Stan程序(虽然Stan程序的位置将在下一个rstantools版本中移动到inst/stan )，但大多数情况下，这些包只需遵循小片段，除了编写更多的R函数之外，无需执行任何其他步骤。