如何从R脚本中向GitHub提交更改？

Question

我试图在R脚本中自动化一些基本的git操作。我在Windows操作系统上使用Rstudio。例如，如果您希望在脚本完成某些自动任务时更新GitHub，这可能会有所帮助。

我编写了一些简单的函数，利用R的shell()函数和窗口的&管道操作符向操作系统终端发送一系列命令：

# Git status.
gitstatus <- function(dir = getwd()){
  cmd_list <- list(
    cmd1 = tolower(substr(dir,1,2)),
    cmd2 = paste("cd",dir),
    cmd3 = "git status"
  )
  cmd <- paste(unlist(cmd_list),collapse = " & ")
  shell(cmd)
}

# Git add.
gitadd <- function(dir = getwd()){
  cmd_list <- list(
    cmd1 = tolower(substr(dir,1,2)),
    cmd2 = paste("cd",dir),
    cmd3 = "git add --all"
  )
  cmd <- paste(unlist(cmd_list),collapse = " & ")
  shell(cmd)
}

# Git commit.
gitcommit <- function(msg = "commit from Rstudio", dir = getwd()){
  cmd_list <- list(
    cmd1 = tolower(substr(dir,1,2)),
    cmd2 = paste("cd",dir),
    cmd3 = paste0("git commit -am ","'",msg,"'")
  )
  cmd <- paste(unlist(cmd_list),collapse = " & ")
  shell(cmd)
}

# Git push.
gitpush <- function(dir = getwd()){
  cmd_list <- list(
    cmd1 = tolower(substr(dir,1,2)),
    cmd2 = paste("cd",dir),
    cmd3 = "git push"
  )
  cmd <- paste(unlist(cmd_list),collapse = " & ")
  shell(cmd)
}

我的gitstatus、gitadd和gitpush函数可以工作。gitcommit函数不能工作。它会产生以下错误：

致命:使用-a的路径没有意义。 警告信息： 在shell(cmd)：'d：& cd _ D:/Documents/R/my_path & git提交-am‘从Rstudio’提交‘失败，错误代码128

gitpush函数可以工作，因为如果您切换到Rstudio中的终端或git，您可以提交更改，然后成功地调用gitpush。

关于如何解决这个问题，有什么想法吗？

..。

注意:我安装了Git，我可以成功地使用命令终端和。我还尝试了另一种策略，即让R编写一个临时.bat文件，然后执行这个文件，但是这个策略在提交步骤上也会被挂起。

Answer 1

解决方案

答案在德克·埃德尔贝特尔氏 drat包函数阿德雷波中。还需要使用git2r's config函数来确保git识别R. git2r函数，这可能为将来使用R脚本中的git提供更健壮的解决方案。同时，我是如何解决这个问题的。

• 安装git2r。使用git2r::config()确保git识别R。
• 从Dirk的代码中，我修改了gitcommit()函数以利用sprintf()和system()来执行一个系统命令：

# Git commit.
gitcommit <- function(msg = "commit from Rstudio", dir = getwd()){
  cmd = sprintf("git commit -m\"%s\"",msg)
  system(cmd)
}

Sprintf的输出如下所示：

[1] "git commit -m\"commit from Rstudio\""

示例

#install.packages("git2r")
library(git2r)

# Insure you have navigated to a directory with a git repo.
dir <- "mypath"
setwd(dir)

# Configure git.
git2r::config(user.name = "myusername",user.email = "myemail")

# Check git status.
gitstatus()

# Download a file.
url <- "https://i.kym-cdn.com/entries/icons/original/000/002/232/bullet_cat.jpg"
destfile <- "bullet_cat.jpg"
download.file(url,destfile)

# Add and commit changes. 
gitadd()
gitcommit()

# Push changes to github.
gitpush()

嗯，这张照片看上去很不稳定，但我想你明白重点了。

Answer 2

根据我在这问Ubuntu问题中看到的内容，您应该使用&&而不是&来分离Git中的多个命令。试着这样做：

gitcommit <- function(msg = "commit from Rstudio", dir = getwd()) {
    cmd_list <- list(
        cmd1 = tolower(substr(dir, 1, 2)),
        cmd2 = paste("cd", dir),
        cmd3 = paste0("git commit -am ", "'", msg, "'")
    )
    cmd <- paste(unlist(cmd_list),collapse = " && ")
    shell(cmd)
}

注意，您的gitcommit函数将输出如下所示：

/v & cd /var/www/service/usercode/255741827 & git commit -am 'first commit'"

我不知道substr(dir, 1, 2)部分有什么用途，但是如果我的建议仍然不起作用，那么尝试删除它，只留下cd和git commit命令。

Answer 3

我个人喜欢来自rOpenSci的rOpenSci包的语法和简单性。具体来说，要执行回购，您应该这样做：

git_add("test.txt")
git_commit("Adding a file", author = "jerry <jerry@gmail.com>")

顶推到遥控器：

git_push(remote = "origin", repo = ".")

并使用这个简单的语法查看所有其他有用的函数。