如何使rdkit中的分子质子化？

Question

本文以M+H+离子的碎裂为基础，提出了正离子ESI质谱的工作流程。我想通过在杂原子中加入一个质子来模拟电离。例如,

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG

# read mol
mol = Chem.MolFromSmiles('O=C(O)C1=CC(=NNC2=CC=C(C=C2)C(=O)NCCC(=O)O)C=CC1=O')

# draw the mol
dr = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(800,800)
dr.SetFontSize(0.3)
op = dr.drawOptions()
for i in range(mol.GetNumAtoms()) :
  op.atomLabels[i] = mol.GetAtomWithIdx(i).GetSymbol() + str((i+1))
  AllChem.Compute2DCoords(mol)
  dr.DrawMolecule(mol)
  dr.FinishDrawing()
  svg = dr.GetDrawingText()
  SVG(svg)

我想给N原子加上一个质子，指数为17，并使分子电离。如何在rdkit中实现这一点？

Answer 1

这些功能是你想要的吗？

atom = mol.GetAtomWithIdx(17)
atom.SetNumExplicitHs(1)
atom.SetFormalCharge(1)