如何将CRAN包导出到Conda yaml文件？

Question

我需要导出一个包含多个包的Conda R环境。除了一个之外，所有的都可以通过Conda通道获得，所以可以很容易地添加。问题出在BiDAG包上，它在CRAN上，但不在Conda通道上。

当我从想要导出的环境内部运行install.packages("BiDAG")时，包安装到了正确的目录中。然而，conda env export > env.yml无法识别它，因为它只跟踪由conda自己安装的包。

我尝试过用CRAN构建

conda skeleton CRAN bidag
conda build r-bidag

但这在两个包(r-graph和r-rgraphviz)上崩溃，这两个包可以从Bioconductor获得，甚至可以通过conda通道获得，但不再在CRAN上。因此，它们不被识别，构建失败。

有没有办法在.yml中使用这个CRAN包BiDAG导出conda环境？

Answer 1

避免在Conda环境中使用install.packages

通常，在Conda管理的R环境中使用install.packages会使环境变得复杂，我建议您不要这么做。正如您已经发现的，Conda无法识别这些包，因此失去了Conda通过环境导出提供的重现性。此外，install.packages通常难以定位共享库和用于所有Conda包构建的构建堆栈。这可能会导致一些包出现编译、链接或其他共享库问题。

构建r-bidag

Bioconductor软件包都托管在bioconda通道上，并以bioconductor-而不是r-作为前缀。因此，应该能够通过修改来自conda skeleton的meta.yaml来构建包，将r-graph和r-graphviz替换为bioconductor-graph和bioconductor-graphviz。然后使用以下命令构建包

conda build --override-channels -c conda-forge -c bioconda -c defaults r-bidag

您可能还需要--R参数来指定要构建的R版本。

Answer 2

供将来参考:这似乎是不可能的。一个更好的解决方案是使用容器系统，如Docker或Singularity，这就是我要做的。