fsl.Merge()命令找不到(通过nipype.interfaces使用时)

Question

我已经安装了这些：

conda install -c conda-forge nipype
conda install -c conda-forge nitime
conda install -c conda-forge nibabel 
conda install -c conda-forge nilearn 

样本代码：

from nipype.interfaces import fsl
import os
import numpy as np
import nitime
from nitime.timeseries import TimeSeries
from nitime.analysis import CorrelationAnalyzer, CoherenceAnalyzer
from nitime.utils import percent_change
import nibabel as nib
import nilearn
from nilearn import datasets, input_data
from nilearn.connectome import ConnectivityMeasure


m = fsl.Merge()
m.inputs.in_files = volumes
...
m.run()

它会产生错误：

OSError:没有在主机上找到"fslmerge“命令。请检查是否安装了相应的软件包。

你能帮帮我吗？

Answer 1

我刚刚遇到了同样的问题，让我困惑了一个多小时。我意识到python中的fsl.Merge命令只是围绕fsl命令:fsl。因此，在执行python脚本之前，需要加载fsl的最新版本。应该是一个简单的解决办法：

module purge ; module load anaconda/2.7-4.3.1 fsl/6.0.1
source ~/Settings/MyCondaEnv.sh
conda activate local

python ~FSLMERGE.py